1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gtgaaatatgtcattgctaatgctgttggaacacagatggagggccttaaatcaaattctttctcagaaaataactaaggttcatatttgagggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATTCTGAGGACATCGAAGAGGAGATTGAAGAAGAAGTTGACAAGGTCTTAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0061g00540.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|110718482|gb|EE095363.1|EE095363
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|110718154|gb|EE094659.1|EE094659
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|26257618|gb|CA808681.1|CA808681
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGTACTGGATEST: gi|110702376|gb|EE081020.1|EE081020
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|351031409|gb|FQ445434.1|FQ445434
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|110702630|gb|EE078767.1|EE078767
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|110722756|gb|EE099290.1|EE099290
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|110362725|gb|EC926275.1|EC926275
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|351014990|gb|FQ444279.1|FQ444279
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|110396776|gb|EC962475.1|EC962475
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATEST: gi|26257678|gb|CA808741.1|CA808741
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGTACTGGATEST: gi|110714302|gb|EE091055.1|EE091055
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
EST: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAG GCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
genomic: CTCCTGAAGTGGCTGTCACGATGCAAGAATTCAGCAAAGAAATGACTAAGgtatttcctt ... agggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGAT
cttaaatcaaattctttctcagaaaataactaaggttcatatttgagggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATTCTGAGGACATCGAAGAGGAGATTGAAGAAGAAGTTGACAAGGTCTTAA
aaataac putative branch site (score: 2)
aaaataactaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaaatatgtcattgctaatgctgttggaacacagatggagggccttaaatcaaattctttctcagaaaataactaaggttcatatttgagggtttcagGCAGGGGTGATCGAGGAGATTGTGAATGATGCTGTTGACACAGCACTGGATTCTGAGGACATCGAAGAGGAGATTGAAGAAGAAGTTGACAAGGTCTTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
-tgaaata
- - - - - - - - ctaatgc
- - - - - - - - - - - - - - gaacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggaggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaatcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaataa