1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttactccatgtattaactcatgtttgaatgcttccaatgaaaagcaataatatgtttctgtttctgttactgaattgaagttggcattacattttgatagGTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTCAAAAGTTGCATATGTGGCCAAAGAACTTTATGATATGGGTTGCTTTGAA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0009g02640.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATCGTGCTGTTGCCCTTGCTGCTAAAAAACTCTCAATTCCTGTCCGTGG GTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTCEST: gi|110703203|gb|EE079843.1|EE079843
genomic: TATCGTGCTGTTGCCCTTGCTGCTAAAAAACTCTCAATTCCTGTCCGTGGgtatgcctaa ... attttgatagGTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTC
EST: TATCGTGCTGTTGCCCTTGCTGCTAAAAA-CTCTCAATTCCTGTCCGTGG GTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCATTGAAAAGAACTATTTCTCCCTCEST: gi|110728088|gb|EE103349.1|EE103349
genomic: TATCGTGCTGTTGCCCTTGCTGCTAAAAAACTCTCAATTCCTGTCCGTGGgtatgcctaa ... attttgatagGTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTC
EST: TATCGTGCTGTTGCCCTTGCTGCTAAAAAACTCTCAATTCCTGTCCGTGG GTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTCEST: gi|22013907|gb|BQ798941.1|BQ798941
genomic: TATCGTGCTGTTGCCCTTGCTGCTAAAAAACTCTCAATTCCTGTCCGTGGgtatgcctaa ... attttgatagGTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTC
EST: AAAAACTCTCAATTCCTGTCCGTGG GTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTC
genomic: AAAAACTCTCAATTCCTGTCCGTGGgtatgcctaa ... attttgatagGTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTC
aataatatgtttctgtttctgttactgaattgaagttggcattacattttgatagGTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTCAAAAGTTGCATATGTGGCCAAAGAACTTTATGATATGGGTTGCTTTGAA
attacattttgata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttactccatgtattaactcatgtttgaatgcttccaatgaaaagcaataatatgtttctgtttctgttactgaattgaagttggcattacattttgatagGTATGTGTCATGTGTCGTTGGGTGTCCGGTGGAAGGAGCTATTTCTCCCTCAAAAGTTGCATATGTGGCCAAAGAACTTTATGATATGGGTTGCTTTGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - -ccatgta
- - - - - - - - ctcatgt
- - - - - - - - - - - - - - -gcttcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aattgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcatta