1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtatgtcagtcaattctttatatgcaatttagaagcattcaggtcatttcaggtccattaaaccctttgtttttcatccttgcagGGTCTGCAAGGAACATATATTTTCCCTTTGACATTGTGACTGACACTCCAATTGATGTGGCAATGGAGATGGTGAAGGAGTTGGAGATCACAGATTGGGA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g07920.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTGATGATGATACCATTTTCCTTAAAGTGCAGACTGCTGATAAAGATG GGTCTGCAAGGAACATATATTTTCCCTTTGACATTGTGACTGACACTCCAAEST: gi|30130681|gb|CB916020.1|CB916020
genomic: TCCTGATGATGATACCATTTTCCTTAAAGTGCAGACTGCTGATAAAGATGgtatgtcagt ... atccttgcagGGTCTGCAAGGAACATATATTTTCCCTTTGACATTGTGACTGACACTCCAA
EST: TCCTGATGATGATACCATTTTCCTTAAAGTGCAGACTGCTGATAAAGATG GGTCTGCAAGGAACATATATTTTCCCTTTGACATTGTGACTGACACTCCAAEST: gi|30136949|gb|CB922287.1|CB922287
genomic: TCCTGATGATGATACCATTTTCCTTAAAGTGCAGACTGCTGATAAAGATGgtatgtcagt ... atccttgcagGGTCTGCAAGGAACATATATTTTCCCTTTGACATTGTGACTGACACTCCAA
EST: TCCTGATGATGATACCATTTTCCTTAAAGTGCAGACTGCTGATAAAGATG GGTCTGCAAGGAACATATATTTTCCCTTTGACATTGTGACTGACACTCCAA
genomic: TCCTGATGATGATACCATTTTCCTTAAAGTGCAGACTGCTGATAAAGATGgtatgtcagt ... atccttgcagGGTCTGCAAGGAACATATATTTTCCCTTTGACATTGTGACTGACACTCCAA
agaagcattcaggtcatttcaggtccattaaaccctttgtttttcatccttgcagGGTCTGCAAGGAACATATATTTTCCCTTTGACATTGTGACTGACACTCCAATTGATGTGGCAATGGAGATGGTGAAGGAGTTGGAGATCACAGATTGGGA
ccctttgtttttcatc CT-rich tract
tttgttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtcagtcaattctttatatgcaatttagaagcattcaggtcatttcaggtccattaaaccctttgtttttcatccttgcagGGTCTGCAAGGAACATATATTTTCCCTTTGACATTGTGACTGACACTCCAATTGATGTGGCAATGGAGATGGTGAAGGAGTTGGAGATCACAGATTGGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA