Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaccatcagttattacctaatgggttatcttaattttgaaccaagaatccctttgtaactatatttctatgtggctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g07380.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g07380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g18590.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
-gtaccatcagttattacctaatgggttatcttaattttgaa--ccaagaatccctttgtaactatatttctatgtggctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG
   ||  ||    |  ||    || | ||| |  |  ||||       |  | ||    | | | | | | | | |        | |||||||| | |||||||| |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || || |  || || ||||| || || || ||||| ||||
gtcactgtccaa-agaacaccgtgagatatgtctaccttgagatttttgctttccaaactgattgtttatttttattatctgtgt-agGATGCTTCAGATGCTGCCAGCAGTGCTATGGTCAGTGTGATTGGTCTAGATTCAGAGAAGGTGCAGCAATTATGCGATGCTGCTAACGAGGAAGTAGATG

upper sequence: Vv06s0004g07380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G029543_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
--------------------------------------------------------gtac-catcagttattaccta-atgggttatcttaattttgaaccaagaatccctt---------tgtaactatatttctatgtggctgtcatc-----agGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG
                                                         |   ||| |  |||     |  | |  ||   ||||  | |   |    ||  ||         ||||  |  |||||||  ||    | |||     |||||||| | |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||    | |||||||| || ||||| ||||| ||||
gtttgtctacagaaacactatgagataatttgtttgattttgtcgattgaattgtaatgttcattatctatggtggatgtagtctacagtaatgctaatagattgttcttttgtttgattttgtagattgatttcta-atgttcattatctgtgtagGATGCTTCAGATGCTGCCAATAGTGCGATGGTTAGTGTGATTGGTCTGGATTCAGAAAAGGTGCAAGAACTATGTGATGCTGCTAATGACGAAGTAGATG

upper sequence: Vv06s0004g07380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA11G29490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
gtac-catcagttattacctaatgggttatcttaattttgaaccaagaatccctttgtaactatatttctatgtggctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG
|||  ||  |  |  ||||| ||    | ||||   | | |    |   |  ||| | || || | |||| |    || |   |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||||||  |||||||||||||||||| | ||||||  ||
gtaagcaatatctggtacctgatctagtttcttg--tctcacttcaacttatcttgggaaata-acttctgtt---ctttatccagGATGCCGCTGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTTAGTGTGATAGGACTGGACTCAGAGAAGGTCCAACAATTGTGTGATGCAGCCAATCAGGAAGTTCCTG

upper sequence: Vv06s0004g07380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA11G29520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
gtac-catcagttattacctaatgggttatcttaattttgaaccaagaatccctttgtaactatatttctatgtggctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG
|||  ||  |  |  |||||  |    | ||||   | | |    |   |  ||| | || || | |||| |    || |   |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||||||  |||||||||||||||||| | ||||||  ||
gtaagcaatatctggtacctggtctagtttcttg--tctcacttcaacttatcttgggaaata-acttctgtt---ctttatccagGATGCCGCCAATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTTAGTGTGATAGGACTGGACTCAGAGAAGGTCCAACAATTGTGTGATGCAGCCAATCAGGAAGTTCCTG

upper sequence: Vv06s0004g07380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA18G06500.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
----gtaccatcagtta--ttacctaatgggttatcttaattttga--accaagaatccc-tttgtaactat-----atttctatgtggctgtcatc-agGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG
    | |  ||| ||||  |   ||| |   || ||| | ||           || ||   ||||||  | |     | |    | ||      ||| ||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||||||  |||||||||||||||||| | ||||||  ||
gtaagcaatatctgttaactggtctagtttcttgtctcacttcaacttgtttggattctaatttgtatgtcttgggaaataacttatgttctctatccagGATGCCGCTGATGCTGCTAGAAGTGCTATGGTTAGTGTGATAGGACTGGACTCAGAGAAGGTCCAACAATTGTGTGATGCAGCCAATCAGGAAGTTCCTG

upper sequence: Vv06s0004g07380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G30200.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
-------------------------------------------------------gtaccatcagttattacctaatgggttatcttaattttgaaccaagaatccctttgtaactatatttct-----atgtggctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG
                                                        |    | |    | | ||     || ||||||  |   |  | |  | |    |  |  | || || |     |  || || || ||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||  | || |||||||| || || | ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||
gtaagattgaactctgctctgtatatccttcattgactatgtcaagtttaggttgatgttgtgacggctgaactttgtagtgatcttatataccattcgaacagctgcattgacttttagtttttgataaaatgactttcttcagGCTGCTGCAGATGCTGCTAAGAGTGCCATGGTTAGTATCATAGGGTTGGACTCAGAAAAGGTTCAGCAGTTGTGTGATGCAGCAAATCAAGAAGTAGATG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110361598|gb|EC925084.1|EC925084
EST:     CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG                         GATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAGgtaccatcag ... ctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGAT
EST: gi|110687429|gb|EE064834.1|EE064834
EST:     CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG                         GATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAGgtaccatcag ... ctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGAT
EST: gi|30128526|gb|CB913865.1|CB913865
EST:     CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG                         GATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAGgtaccatcag ... ctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGAT
EST: gi|161713818|gb|FC063453.1|FC063453
EST:     CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAAGCA-TGCAG                         GATGCTGCCGATGCTGCTAAA-GTGCTATG-TCAGTGTCAT-GGACTAGA
genomic: CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAA-GCAATGCAGgtaccatcag ... ctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGA
EST: gi|71872032|gb|DT021087.1|DT021087
EST:     CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAG                         GATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGAT
genomic: CTTTGAGGATGGACTCAAGCTGGTCAAATTAAGGGGTGAAGCAATGCAGgtaccatcag ... ctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaattttgaaccaagaatccctttgtaactatatttctatgtggctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG
                       ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                      tttgtaactatattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaccatcagttattacctaatgggttatcttaattttgaaccaagaatccctttgtaactatatttctatgtggctgtcatcagGATGCTGCCGATGCTGCTAAAAGTGCTATGGTCAGTGTCATTGGACTAGATTCAGAAAAAGTCCAACTGTTGTGTGATGCAGCCAATGAAGAAGTTGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT