1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aacttgtcttgtttaaactaagacaaatatgtttccaaagaacttgctcatctttgtccctttcgttgatttctcacaccttttatttttttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGCTATCAAGATGGGAGCCTACTGATTACTTGTATGCCTTCTCGTAACGAGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv06s0004g02660.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTG TCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGCEST: gi|110726802|gb|EE102900.1|EE102900
genomic: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTGgtatgcgcac ... ttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGC
EST: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTG TCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGCEST: gi|28970321|gb|CB349354.1|CB349354
genomic: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTGgtatgcgcac ... ttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGC
EST: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTG TCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGCEST: gi|110428655|gb|EC995132.1|EC995132
genomic: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTGgtatgcgcac ... ttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGC
EST: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTG TCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGCEST: gi|32459062|gb|CD800236.1|CD800236
genomic: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTGgtatgcgcac ... ttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGC
EST: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTG TCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGCEST: gi|351026098|gb|FQ428110.1|FQ428110
genomic: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTGgtatgcgcac ... ttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGC
EST: TGGCAGACGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTG TCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGCEST: gi|32457906|gb|CD799080.1|CD799080
genomic: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTGgtatgcgcac ... ttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGC
EST: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTG TCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTCGGAAGAGGAAAGC
genomic: TGGCAGATGCTGGGATTATGATGTATGACCTGGTTGCCTCAGTTTCTGTGgtatgcgcac ... ttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGC
gctcatctttgtccctttcgttgatttctcacaccttttatttttttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGCTATCAAGATGGGAGCCTACTGATTACTTGTATGCCTTCTCGTAACGAGG
ttctcac putative branch site (score: 2)
tttctcacacctttta CT-rich tract
ttttatttttttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacttgtcttgtttaaactaagacaaatatgtttccaaagaacttgctcatctttgtccctttcgttgatttctcacaccttttatttttttgtgcccagTCTTGTCTTGGTAAGAACCTTGTCATCGACCCTATTTTGGAAGAGGAAAGCTATCAAGATGGGAGCCTACTGATTACTTGTATGCCTTCTCGTAACGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - tgtcttg
- - - - - - - aaactaa
- - - - - - - - - - - acaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - -caaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcacacc