Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatgcttaagtgtgttcattttttttggttggaagtttagaagtcaagatttcaaatttgtttggtcagattctgcttttaccattggacttccatgtccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTATCAGAGGAGAAAGAGGCAATGGAAAATTCTCTGATCTCGGGTTTTACAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g00060.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32269728|gb|CD718887.1|CD718887
EST:     CTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: CTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|71878566|gb|DT027621.1|DT027621
EST:     GTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: GTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|110688296|gb|EE066688.1|EE066688
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|110711311|gb|EE087659.1|EE087659
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|110702984|gb|EE079435.1|EE079435
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|110713034|gb|EE088602.1|EE088602
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|27586580|gb|CB009275.1|CB009275
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|110692596|gb|EE072018.1|EE072018
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|71859349|gb|DT008404.1|DT008404
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|71857308|gb|DT006363.1|DT006363
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|161716048|gb|FC069121.1|FC069121
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|294966527|gb|GW837662.1|GW837662
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|71879747|gb|DT028802.1|DT028802
EST:     GTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: GTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|110693463|gb|EE069714.1|EE069714
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|32269126|gb|CD718285.1|CD718285
EST:     CTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: CTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
EST: gi|110688262|gb|EE066614.1|EE066614
EST:     ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAG                         GTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA
genomic: ATATTTCTGGAAGCAAACATGCAGACCCAGCACTTGTGGACTTGCTTAAGgtatatgctt ... ccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatttgtttggtcagattctgcttttaccattggacttccatgtccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTATCAGAGGAGAAAGAGGCAATGGAAAATTCTCTGATCTCGGGTTTTACAG
                                          tgtcctt  CT-rich tract
                                               ttgaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatatgcttaagtgtgttcattttttttggttggaagtttagaagtcaagatttcaaatttgtttggtcagattctgcttttaccattggacttccatgtccttgaatagGTTTCTTTCGCAAGGTCCAATTTTTCCATGGCATTCCCTTATGTTGCTGTATCAGAGGAGAAAGAGGCAATGGAAAATTCTCTGATCTCGGGTTTTACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG