1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...attcaagcagttccaacaatttagactgtttctcgtctcttcttccttcttttgtttcaagacaaaatggttgacgtttccatgttacactctgctgcagGCTGTGATGGTGGTCGGCTGAAATTCCTTGTATCCATTTTTTTGTTTTTTGTTCTCAGTACACTGTTGTGCTGAAGAGATTTAGCTTGAGGGTGGAGCCA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0094g00050.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cttcttttgtttcaagacaaaatggttgacgtttccatgttacactctgctgcagGCTGTGATGGTGGTCGGCTGAAATTCCTTGTATCCATTTTTTTGTTTTTTGTTCTCAGTACACTGTTGTGCTGAAGAGATTTAGCTTGAGGGTGGAGCCA
ggttgac putative branch site (score: 4)
ctctgct putative PPT
tttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attcaagcagttccaacaatttagactgtttctcgtctcttcttccttcttttgtttcaagacaaaatggttgacgtttccatgttacactctgctgcagGCTGTGATGGTGGTCGGCTGAAATTCCTTGTATCCATTTTTTTGTTTTTTGTTCTCAGTACACTGTTGTGCTGAAGAGATTTAGCTTGAGGGTGGAGCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- tcaagca
- - - - - - ccaacaa
- - - - - - - - - - - - -ctgtttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgtt