1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' |
...tttccatgcatttttcatgcaatagtatgatatattcaagattttccttgtcataaggtttctgacattatctgatacgtaatgtatgtatgttttgtagGATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGGAAAAAACTTTTACATAAGAAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0051g00870.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAG GATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGGEST: gi|71857814|gb|DT006869.1|DT006869
genomic: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAGgtgagagttt ... tgttttgtagGATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGG
EST: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAG GATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGGEST: gi|161715993|gb|FC068764.1|FC068764
genomic: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAGgtgagagttt ... tgttttgtagGATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGG
EST: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAG GATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGGEST: gi|110699093|gb|EE077335.1|EE077335
genomic: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAGgtgagagttt ... tgttttgtagGATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGG
EST: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAG GATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGGEST: gi|37187518|gb|CF606871.1|CF606871
genomic: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAGgtgagagttt ... tgttttgtagGATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGG
EST: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAG GATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGG
genomic: TTCCTAAAAAGATTTTGGTGTATGGAGCATCTTTTAGAGGTGAAATTGAGgtgagagttt ... tgttttgtagGATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGG
ccttgtcataaggtttctgacattatctgatacgtaatgtatgtatgttttgtagGATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGGAAAAAACTTTTACATAAGAAG
taatgtat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttccatgcatttttcatgcaatagtatgatatattcaagattttccttgtcataaggtttctgacattatctgatacgtaatgtatgtatgttttgtagGATGCCAAGAATTATGGGTGGGAATTGAATGACAAAGTGGACTTTAACTGGAAAAAACTTTTACATAAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- -ccatgca
- - - - - - - tcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgatac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtatgt