1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttcaattctctgttttacagttaaaataattcttgtatcccttgaattagccaattttaacatctggactttcttggcttgttatatactggtataacagCTTGCTATGAAGCTTGCTCCAGATAGGAAGAAGTTCATGGACGTGATATCGGGTACAGGTGATGTCAATGCTGACATGGAGGCTTTTTGCACAAGCTTCT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv05s0049g01330.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAAGACCCTGAAACAATGGCATGGCTGGCTTGCCAGTTCAAGTTTCAGT CTTGCTATGAAGCTTGCTCCAGATAGGAAGAAGTTCATGGACGTGATATCGEST: gi|71883183|gb|DT032238.1|DT032238
genomic: GCAAGACCCTGAAACAATGGCATGGCTGGCTTGCCAGTTCAAGTTTCAGTgtaatgtctc ... ggtataacagCTTGCTATGAAGCTTGCTCCAGATAGGAAGAAGTTCATGGACGTGATATCG
EST: GCAAGACCCTGAAACAATGGCATGGCTGGCTTGCCAGTTCAAGTTTCAGT CTTGCTATGAAGCTTGCTEST: gi|37188966|gb|CF608315.1|CF608315
genomic: GCAAGACCCTGAAACAATGGCATGGCTGGCTTGCCAGTTCAAGTTTCAGTgtaatgtctc ... ggtataacagCTTGCTATGAAGCTTGCT
EST: GCAAGACCCTGAAACAATGGCATGGCTGGCTTGCCAGTTCAAGTTTCAGT CTTGCTATGAAGCTTGCTCCAGATAGGAAGAAGTTCATGGACGTGATATCG
genomic: GCAAGACCCTGAAACAATGGCATGGCTGGCTTGCCAGTTCAAGTTTCAGTgtaatgtctc ... ggtataacagCTTGCTATGAAGCTTGCTCCAGATAGGAAGAAGTTCATGGACGTGATATCG
attagccaattttaacatctggactttcttggcttgttatatactggtataacagCTTGCTATGAAGCTTGCTCCAGATAGGAAGAAGTTCATGGACGTGATATCGGGTACAGGTGATGTCAATGCTGACATGGAGGCTTTTTGCACAAGCTTCT
ttttaac putative branch site (score: 2)
aattttaacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcaattctctgttttacagttaaaataattcttgtatcccttgaattagccaattttaacatctggactttcttggcttgttatatactggtataacagCTTGCTATGAAGCTTGCTCCAGATAGGAAGAAGTTCATGGACGTGATATCGGGTACAGGTGATGTCAATGCTGACATGGAGGCTTTTTGCACAAGCTTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - cccttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttagcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggcttgt