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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgactactgtgtcttgtccttgcatatcttctatgccagttcattaaatactgtatgattaaaaaggaaaacctgtttcttaatgaaatttatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCTCATGATAATCTACCTGCAAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0020g04080.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os10g28350.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
----tgactactgtgtcttgtccttgcatatcttctatgccagttcattaaatactgtatgattaaaaaggaaaacctgtttcttaatgaaatttattttt---cagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCTCATGATAATCTACCTGCAAG
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tacatataatccattttttgttttttgaaatct---gaactcttgcattgactctt--atgaataataa--acaacttattagttcattggacatattcttttacagGCAATGCGACTGTTTGTTGGCGATCCTGTTTGGACACCCTACAACCGTCCCCATGACCATCTTCCTGCAAG

upper sequence: Vv05s0020g04080.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S69_28V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
--------------------------tgactactgtgtcttgtccttgcatatcttc-tatgccagttcattaaatact--gtatgattaaa---aaggaaaacctgtttcttaatgaaatt-tattttt--cagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCTCATGATAATCTACCTGCAAG
                            | |          ||   |||| || |   || |  || | ||| | |  |    ||  |  ||   ||   ||  |||   |    |   ||| ||||  |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || | ||| || || || ||| | |  ||||  ||
gtacacatagctacctatcagtagccccattctaaaaaacagtgactgcagatatgaataagatagcttattcagtgtttaaaattgtccaatccaatagaactctgaaaccctgtattattatattcgtggcagGCAATGAGGCTGTTTGTAGGTGAACCTGTCTGGACCCCATATAACCGACCCCAAGATGAACACCCTGTGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|28959685|gb|CB339843.1|CB339843
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110404631|gb|EC969992.1|EC969992
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110713746|gb|EE089937.1|EE089937
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110421959|gb|EC988266.1|EC988266
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|30296431|gb|CB973225.1|CB973225
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110701874|gb|EE079942.1|EE079942
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCATTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|33401763|gb|CF207390.1|CF207390
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110702193|gb|EE080629.1|EE080629
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|30304245|gb|CB981039.1|CB981039
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|28958843|gb|CB339421.1|CB339421
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCCCCCTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|34544397|gb|CF512629.1|CF512629
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAGTGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110410229|gb|EC975907.1|EC975907
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|26267306|gb|CA818369.1|CA818369
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110711319|gb|EE087674.1|EE087674
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|26263102|gb|CA814165.1|CA814165
EST:     CTGCTGGAATTAATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110370005|gb|EC934179.1|EC934179
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|27586811|gb|CB009506.1|CB009506
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCATTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110421734|gb|EC988034.1|EC988034
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110429045|gb|EC995532.1|EC995532
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|351018907|gb|FQ426406.1|FQ426406
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|30303116|gb|CB979910.1|CB979910
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|30303177|gb|CB979971.1|CB979971
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|22011493|gb|BQ796527.1|BQ796527
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCATTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|30305201|gb|CB981995.1|CB981995
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110720418|gb|EE096325.1|EE096325
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110363595|gb|EC927194.1|EC927194
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110723038|gb|EE099892.1|EE099892
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|71856794|gb|DT005849.1|DT005849
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGT
EST: gi|30304592|gb|CB981386.1|CB981386
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGANCACACCGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|30295842|gb|CB972636.1|CB972636
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCCCACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTCTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110693433|gb|EE069670.1|EE069670
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|37183887|gb|CF603241.1|CF603241
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCC
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCC
EST: gi|34547073|gb|CF515305.1|CF515305
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|30300759|gb|CB977553.1|CB977553
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|71874369|gb|DT023424.1|DT023424
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|30298116|gb|CB974910.1|CB974910
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|32459059|gb|CD800233.1|CD800233
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACGCTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCATTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|10283297|gb|BE846420.1|BE846420
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCATTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|30305264|gb|CB982058.1|CB982058
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|34545434|gb|CF513666.1|CF513666
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|110695167|gb|EE072872.1|EE072872
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
EST: gi|26266055|gb|CA817118.1|CA817118
EST:     CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAG                         GCAATGAGGCTGTTTGTTGGCGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
genomic: CTGCTGGAATTTATCACCGGTTCACACTGGATTCGAACAACTACATCAAGgtagctttac ... tatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCT
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatactgtatgattaaaaaggaaaacctgtttcttaatgaaatttatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCTCATGATAATCTACCTGCAAG
                                tcttaat  putative branch site (score: 3)
                                           tttatttttc  putative PPT
                            tgtttcttaatgaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgactactgtgtcttgtccttgcatatcttctatgccagttcattaaatactgtatgattaaaaaggaaaacctgtttcttaatgaaatttatttttcagGCAATGAGGCTGTTTGTTGGTGATCCTGTTTGGACTCCCTTTAATCGTCCTCATGATAATCTACCTGCAAG

- actactg
- - - - -tgtcttg
- - - - - - - - -ccttgca
- - - - - - - - - - - - - - - ctatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaggaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgaaa