1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...cacttaattatttgatcattgcttaattgtaattattatacttatgtgaggatttcttttacaccttagttaaatgtggaccttttatttgcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACAGCA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0023g03020.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGT CTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACAEST: gi|71888773|gb|DT037828.1|DT037828
genomic: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGTgtatgaatcc ... gcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACA
EST: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGT CTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACAEST: gi|110710992|gb|EE087681.1|EE087681
genomic: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGTgtatgaatcc ... gcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACA
EST: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGT CTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACAEST: gi|33402941|gb|CF208568.1|CF208568
genomic: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGTgtatgaatcc ... gcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACA
EST: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGT CTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACAEST: gi|71882638|gb|DT031693.1|DT031693
genomic: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGTgtatgaatcc ... gcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACA
EST: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGT CTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACAEST: gi|71887889|gb|DT036944.1|DT036944
genomic: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGTgtatgaatcc ... gcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACA
EST: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGT CTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACAEST: gi|110367557|gb|EC931495.1|EC931495
genomic: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGTgtatgaatcc ... gcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACA
EST: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGT CTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACA
genomic: GGCTTGCAGTTGATGGAAATGCTGTGAAGTCATTGTTTGGTGCTGCTAGTgtatgaatcc ... gcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACA
gtgaggatttcttttacaccttagttaaatgtggaccttttatttgcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACAGCA
ccttttatttgctttt CT-rich tract
ttttatttgctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cacttaattatttgatcattgcttaattgtaattattatacttatgtgaggatttcttttacaccttagttaaatgtggaccttttatttgcttttgcagCTCAAGATTGATGCTGATTTCCTGTATCTTCTGGCAGATGCTGCAGTTACAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - cattgct