1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...cttacctggctctgcactcaaggcttatgaaatagccctcctatccctttccttttctagagtagcatcttttacagtaacatcatgttgttccatgcagCTTGGCCACTTAACGCTGTGGGGATTGAACCCCAGTTCAAGTTGCCGCATTCAACATCCATTGGAGAAGTCGTGCTGTTAAATGGCTTCGTGGGCAGTGT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0008g06890.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTCTTTGGTTATATTGGTCTCTTCACTCTTCTTGGCTTTTGGTGGCTTG CTTGGCCACTTAATGCTGTGGGGATTGAACCCCAGTTCAAGTTGCTGCATT
genomic: ATTCTTTGGTTATATTGGTCTCTTCACTCTTCTTGGCTTTTGGTGGCTTGgtaagatgac ... ttccatgcagCTTGGCCACTTAACGCTGTGGGGATTGAACCCCAGTTCAAGTTGCCGCATT
cctttccttttctagagtagcatcttttacagtaacatcatgttgttccatgcagCTTGGCCACTTAACGCTGTGGGGATTGAACCCCAGTTCAAGTTGCCGCATTCAACATCCATTGGAGAAGTCGTGCTGTTAAATGGCTTCGTGGGCAGTGT
cagtaac putative branch site (score: 2)
ttgttcc putative PPT
atctttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttacctggctctgcactcaaggcttatgaaatagccctcctatccctttccttttctagagtagcatcttttacagtaacatcatgttgttccatgcagCTTGGCCACTTAACGCTGTGGGGATTGAACCCCAGTTCAAGTTGCCGCATTCAACATCCATTGGAGAAGTCGTGCTGTTAAATGGCTTCGTGGGCAGTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- tacctgg
- - - - - - - cactcaa
- - - - - - - - - - - gcttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - -agccctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catcatg