1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tttcatagtgatgctatctgttataagtgatgtcaaacctctccctgttaatgctattgctatttgttaaagacgtctcttttttgggggtgccatacagGGTAACAGTGGATCTAGGAACTCAAGTCTTGAGGTTGCATGTGAATGGCGTAACAGTGAAAGATCTAGTCCTAGCGGAAGAAGTGGTGACAATAGTATCA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0008g04420.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgttaatgctattgctatttgttaaagacgtctcttttttgggggtgccatacagGGTAACAGTGGATCTAGGAACTCAAGTCTTGAGGTTGCATGTGAATGGCGTAACAGTGAAAGATCTAGTCCTAGCGGAAGAAGTGGTGACAATAGTATCA
tgttaat putative branch site (score: 3)
tatttgttaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcatagtgatgctatctgttataagtgatgtcaaacctctccctgttaatgctattgctatttgttaaagacgtctcttttttgggggtgccatacagGGTAACAGTGGATCTAGGAACTCAAGTCTTGAGGTTGCATGTGAATGGCGTAACAGTGAAAGATCTAGTCCTAGCGGAAGAAGTGGTGACAATAGTATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - tgatgct
- - - - - - - - - - - - - -tgatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctctccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctattgc