Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttctaacaccataaaactaaaatattttatcatcattataagcccttggctataaaaatattcatttcttgaaatgggatgtgttggatctaattttcagtcatgtactcttttgtttaaccttgttttaccctattggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCTTGCAGTTTCAGGGGATGCAGCCGCTTCTGCTGATAATTCAGGTCTAGAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g04270.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351053857|gb|FQ441623.1|FQ441623
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGACGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351024599|gb|FQ433014.1|FQ433014
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110399605|gb|EC966118.1|EC966118
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110691438|gb|EE069540.1|EE069540
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110688588|gb|EE067308.1|EE067308
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGA-CGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349809714|gb|FQ398289.1|FQ398289
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351036758|gb|FQ457471.1|FQ457471
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351029853|gb|FQ427693.1|FQ427693
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349826867|gb|FQ418958.1|FQ418958
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349823637|gb|FQ415047.1|FQ415047
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|33406205|gb|CF211832.1|CF211832
EST:     AGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351018982|gb|FQ426481.1|FQ426481
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAATTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351037169|gb|FQ457002.1|FQ457002
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|229418802|gb|GO653039.1|GO653039
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349816944|gb|FQ405070.1|FQ405070
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|352794442|gb|FQ481674.1|FQ481674
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|37189137|gb|CF608486.1|CF608486
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|352798610|gb|FQ480635.1|FQ480635
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|294966324|gb|GW837575.1|GW837575
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTC
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTC
EST: gi|351032955|gb|FQ461844.1|FQ461844
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110717421|gb|EE093265.1|EE093265
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|161718923|gb|FC066375.1|FC066375
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|352794135|gb|FQ479377.1|FQ479377
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCGGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110690438|gb|EE067537.1|EE067537
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349815598|gb|FQ400754.1|FQ400754
EST:     AAGCCTATNTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATNAGGATGTCTTGCAGAAGTTGG
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGG
EST: gi|351022363|gb|FQ445138.1|FQ445138
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|161707055|gb|FC055932.1|FC055932
EST:     ATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCC-GCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: ATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110394240|gb|EC958886.1|EC958886
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351038393|gb|FQ461085.1|FQ461085
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349807219|gb|FQ401211.1|FQ401211
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349813389|gb|FQ413591.1|FQ413591
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|46917647|gb|CN546976.1|CN546976
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351033302|gb|FQ446534.1|FQ446534
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110382861|gb|EC947188.1|EC947188
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349823548|gb|FQ414958.1|FQ414958
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351053332|gb|FQ459200.1|FQ459200
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|26259306|gb|CA810369.1|CA810369
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349814096|gb|FQ414276.1|FQ414276
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|161716062|gb|FC067165.1|FC067165
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGTTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGT
EST: gi|351037357|gb|FQ460556.1|FQ460556
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCGGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351040731|gb|FQ438275.1|FQ438275
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|26262139|gb|CA813202.1|CA813202
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110420388|gb|EC986660.1|EC986660
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351021752|gb|FQ437137.1|FQ437137
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAAAAGTTGGGTGAAACAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351014883|gb|FQ438083.1|FQ438083
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110700175|gb|EE077915.1|EE077915
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349832721|gb|FQ422079.1|FQ422079
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAGCGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351036011|gb|FQ463856.1|FQ463856
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351044524|gb|FQ443055.1|FQ443055
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|22012808|gb|BQ797842.1|BQ797842
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110369841|gb|EC934010.1|EC934010
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349809986|gb|FQ398611.1|FQ398611
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351033684|gb|FQ462214.1|FQ462214
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349819007|gb|FQ411702.1|FQ411702
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAACAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349822883|gb|FQ398270.1|FQ398270
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCGGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|352789768|gb|FQ478583.1|FQ478583
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|352798420|gb|FQ480445.1|FQ480445
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110383518|gb|EC947896.1|EC947896
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351029592|gb|FQ427432.1|FQ427432
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110732963|gb|EE108707.1|EE108707
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAAAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110732697|gb|EE108209.1|EE108209
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349808824|gb|FQ406674.1|FQ406674
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAATTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349811328|gb|FQ407554.1|FQ407554
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351025742|gb|FQ426756.1|FQ426756
EST:     AAGCCTATTT-AGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110423800|gb|EC990151.1|EC990151
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|28965951|gb|CB344984.1|CB344984
EST:     AGATGAGATAGAGACTTNTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349812027|gb|FQ410824.1|FQ410824
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|33406289|gb|CF211916.1|CF211916
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110395577|gb|EC961243.1|EC961243
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|351014637|gb|FQ437639.1|FQ437639
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|294967312|gb|GW836666.1|GW836666
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATA-AAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGA
genomic: A-GCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGA
EST: gi|110362021|gb|EC925527.1|EC925527
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349820736|gb|FQ408565.1|FQ408565
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|110723293|gb|EE100443.1|EE100443
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
EST: gi|349829844|gb|FQ422157.1|FQ422157
EST:     AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAGACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAG                         ATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT
genomic: AAGCCTATTTTAGATGAGATAGAAACTGGTGGTCCAGCTGCCATGATGAGgtttctaaca ... attggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctaattttcagtcatgtactcttttgtttaaccttgttttaccctattggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCTTGCAGTTTCAGGGGATGCAGCCGCTTCTGCTGATAATTCAGGTCTAGAT
                         gtttaac  putative branch site (score: 3)
                                         ccctatt  putative PPT
                     ttttgtttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttctaacaccataaaactaaaatattttatcatcattataagcccttggctataaaaatattcatttcttgaaatgggatgtgttggatctaattttcagtcatgtactcttttgtttaaccttgttttaccctattggtttagATACTGGAACGATAAGGATGTCTTGCAGAAGTTGGGTGAAGCAATGGGTCTTGCAGTTTCAGGGGATGCAGCCGCTTCTGCTGATAATTCAGGTCTAGAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT