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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gaaaatttaggtagagcgttgttattttgtttcttcttaaatgtaacttttttcagttgtgtatgtgtaatgtaattaataattcttgttgtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGATTAAAGGCGGGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0012g02790.t01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351035676|gb|FQ463521.1|FQ463521
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATGGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351046180|gb|FQ442558.1|FQ442558
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|110705231|gb|EE081878.1|EE081878
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|352794074|gb|FQ479316.1|FQ479316
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|26258680|gb|CA809743.1|CA809743
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351034454|gb|FQ463267.1|FQ463267
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351034375|gb|FQ463188.1|FQ463188
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351037902|gb|FQ465140.1|FQ465140
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|110364860|gb|EC928418.1|EC928418
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         ---T--T-CTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|110704711|gb|EE081697.1|EE081697
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351052620|gb|FQ452532.1|FQ452532
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|352790200|gb|FQ481399.1|FQ481399
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351055369|gb|FQ441967.1|FQ441967
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351036160|gb|FQ464005.1|FQ464005
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351016089|gb|FQ432044.1|FQ432044
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|110392190|gb|EC957433.1|EC957433
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|22010972|gb|BQ796006.1|BQ796006
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|71884210|gb|DT033265.1|DT033265
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|110428271|gb|EC994738.1|EC994738
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351027248|gb|FQ444497.1|FQ444497
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351044367|gb|FQ452919.1|FQ452919
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|22010685|gb|BQ795719.1|BQ795719
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|71874794|gb|DT023849.1|DT023849
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351033642|gb|FQ462172.1|FQ462172
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351032807|gb|FQ461696.1|FQ461696
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATGGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|352798335|gb|FQ480360.1|FQ480360
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351033496|gb|FQ462147.1|FQ462147
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351039606|gb|FQ461473.1|FQ461473
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|26257869|gb|CA808932.1|CA808932
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|352790134|gb|FQ481333.1|FQ481333
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|110724316|gb|EE100035.1|EE100035
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351056762|gb|FQ443389.1|FQ443389
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351025681|gb|FQ426695.1|FQ426695
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351054105|gb|FQ450187.1|FQ450187
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351047341|gb|FQ451853.1|FQ451853
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCATTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
EST: gi|351044729|gb|FQ443260.1|FQ443260
EST:     ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCGAGTTGGTTAG                         GAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA
genomic: ACCGGTTGATGCTCAAAGGTTGCAGTATTTGGCTTTTGCAAGTTGGTTAGgtatgtaatc ... gtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

acttttttcagttgtgtatgtgtaatgtaattaataattcttgttgtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGATTAAAGGCGGGG
                            aattaat  putative branch site (score: 3)
                tatgtgtaatgtaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gaaaatttaggtagagcgttgttattttgtttcttcttaaatgtaacttttttcagttgtgtatgtgtaatgtaattaataattcttgttgtccatgcagGAATAGTTCTTTGTCTTGTATTCAATATTATCGCAGTGACTGTTTGTTGGATTAAAGGCGGGG

gaaaatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaatgtaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtatgtg