1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aagctaccgcttgaaattttaacagttgtttctagctttgacgtttgtcttgagtactttatttaactgtagcatgtcttgcgacaactgttcccttcagATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAATTATTCCAATCAACTGGTGTTGAAGCACTCATAGCCTATGATTGTTCAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0011g03220.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCTTGTGGAGACCCTTGTCCGGTTTTTCAACAAGTATGCCTATGTTCAG ATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAAEST: gi|71889829|gb|DT038884.1|DT038884
genomic: ATCTTGTGGAGACCCTTGTCCGGTTTTTCAACAAGTATGCCTATGTTCAGgtatctcttt ... ttcccttcagATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAA
EST: ATCTTGTGGAGACCCTTGTCCGGTTTTTCAACAAGTATGCCTATGTTCAG ATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAAEST: gi|110362607|gb|EC926152.1|EC926152
genomic: ATCTTGTGGAGACCCTTGTCCGGTTTTTCAACAAGTATGCCTATGTTCAGgtatctcttt ... ttcccttcagATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAA
EST: ATCTTGTGGAGACCCTTGTCCGGTTTTTCAACAAGTATGCCTATGTTCAG ATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAAEST: gi|71882413|gb|DT031468.1|DT031468
genomic: ATCTTGTGGAGACCCTTGTCCGGTTTTTCAACAAGTATGCCTATGTTCAGgtatctcttt ... ttcccttcagATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAA
EST: TGGAGACCCTTGTCCGGTTTTTCAACAAGTATGCCTATGTTCAG ATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAA
genomic: TGGAGACCCTTGTCCGGTTTTTCAACAAGTATGCCTATGTTCAGgtatctcttt ... ttcccttcagATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAA
tgtcttgagtactttatttaactgtagcatgtcttgcgacaactgttcccttcagATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAATTATTCCAATCAACTGGTGTTGAAGCACTCATAGCCTATGATTGTTCAG
atttaac putative branch site (score: 3)
ctgttcccttc putative PPT
agtactttatttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagctaccgcttgaaattttaacagttgtttctagctttgacgtttgtcttgagtactttatttaactgtagcatgtcttgcgacaactgttcccttcagATAGCTGTTTATGGAAAAAGCTTTAATCACTCAGCGAGGGATGCTTGGGAATTATTCCAATCAACTGGTGTTGAAGCACTCATAGCCTATGATTGTTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- -ctaccgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgtc