1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...tgctacgaacatagccattattacttgtacagctgctttctttttgtgtataaagatgatggtaatttcttgactaccacttttcttgaactgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCCTATCTAAGATGTTCTTTGCAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv01s0010g01740.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAG ATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCEST: gi|22013779|gb|BQ798813.1|BQ798813
genomic: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAGgtgacacttc ... ctgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATC
EST: TGAGACCAAGGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAG ATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCEST: gi|110411137|gb|EC976839.1|EC976839
genomic: TGAGACCAA-GTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAGgtgacacttc ... ctgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATC
EST: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAG ATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCEST: gi|30136439|gb|CB921777.1|CB921777
genomic: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAGgtgacacttc ... ctgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATC
EST: CTGAGACCAANGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAG ATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCEST: gi|349823327|gb|FQ402526.1|FQ402526
genomic: CTGAGACCAA-GTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAGgtgacacttc ... ctgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATC
EST: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAG ATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCEST: gi|161718299|gb|FC064760.1|FC064760
genomic: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAGgtgacacttc ... ctgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATC
EST: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAG ATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCEST: gi|294965642|gb|GW837241.1|GW837241
genomic: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAGgtgacacttc ... ctgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATC
EST: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAG ATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCEST: gi|349809177|gb|FQ398950.1|FQ398950
genomic: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAGgtgacacttc ... ctgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATC
EST: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAG ATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATC
genomic: GACTGAGACCAAGTTTCTACACAATTAATGCAGTGGTTTATGCCATTCAGgtgacacttc ... ctgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATC
gtgtataaagatgatggtaatttcttgactaccacttttcttgaactgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCCTATCTAAGATGTTCTTTGCAG
tcttgac putative branch site (score: 3)
ctgttttc putative PPT
taatttctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgctacgaacatagccattattacttgtacagctgctttctttttgtgtataaagatgatggtaatttcttgactaccacttttcttgaactgttttcagATTGCTATGTGGTTTGTTTTATGGTGGAAACCTATCCCAATCGTGTTCATCCTATCTAAGATGTTCTTTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - -catagcc
- - - - - - - - - - - - - - -cagctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatggt