1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ctatactttgctgcaagtgattttggtgtctgcaattttactccactgtgtttgcagctggtttttaagtttttgaccaaatgggtaccactggtcacagGGAAAAATGATTTGCATCTTGATTGGCCAACCCGCTTCAGTATAGGCTTGGCAACAGCAAGAGGATTAGCTTATCTTCATGAAGAATCAAGGCCAAGAAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv00s0125g00210.t01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ctgtgtttgcagctggtttttaagtttttgaccaaatgggtaccactggtcacagGGAAAAATGATTTGCATCTTGATTGGCCAACCCGCTTCAGTATAGGCTTGGCAACAGCAAGAGGATTAGCTTATCTTCATGAAGAATCAAGGCCAAGAAT
ttttgac putative branch site (score: 3)
tttttaagtttttga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctatactttgctgcaagtgattttggtgtctgcaattttactccactgtgtttgcagctggtttttaagtttttgaccaaatgggtaccactggtcacagGGAAAAATGATTTGCATCTTGATTGGCCAACCCGCTTCAGTATAGGCTTGGCAACAGCAAGAGGATTAGCTTATCTTCATGAAGAATCAAGGCCAAGAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - tgctgca
- - - - - - - - - - - - - tgtctgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaccaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggtacca