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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtagcacttttggcattatctgtcttaactctgaaaaatacctgatctgaagttgctgcatctgctgtctgctttgtgaagtttgcttttcactgaaagtatcctggaattttctttcatgttgttatgcttaatatagatttgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATCCAACGCTTTGGAGATTTTGAGCAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0090g01020.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77581239|gb|DV219545.1|DV219545
EST:     GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTC                         GATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTACGCGCATC
genomic: GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTCgtaagtagca ... tgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATC
EST: gi|351044077|gb|FQ452750.1|FQ452750
EST:     GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTC                         GATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTACGCACATC
genomic: GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTCgtaagtagca ... tgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATC
EST: gi|349815971|gb|FQ403612.1|FQ403612
EST:     GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTC                         GATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTACGCACATC
genomic: GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTCgtaagtagca ... tgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATC
EST: gi|161721075|gb|FC070004.1|FC070004
EST:     GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTC                         GATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTACGCGCATC
genomic: GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTCgtaagtagca ... tgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATC
EST: gi|349813558|gb|FQ413792.1|FQ413792
EST:     GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTC                         GATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTACGCACATC
genomic: GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTCgtaagtagca ... tgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATC
EST: gi|351013602|gb|FQ429743.1|FQ429743
EST:     GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTC                         GATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTACGCACATC
genomic: GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTCgtaagtagca ... tgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATC
EST: gi|351020215|gb|FQ445822.1|FQ445822
EST:     GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTC                         GATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTACGCACATC
genomic: GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTCgtaagtagca ... tgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATC
EST: gi|71856388|gb|DT005443.1|DT005443
EST:     GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCATTC                         GATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTACGCACATC
genomic: GCATATGTTGGTCAACCAAAAGTACAATCTGCTGCTGCTGCTTGTCGTTCgtaagtagca ... tgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtatcctggaattttctttcatgttgttatgcttaatatagatttgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATCCAACGCTTTGGAGATTTTGAGCAA
                               gcttaat  putative branch site (score: 4)
                                 ttaatatagatttgta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtaagtagcacttttggcattatctgtcttaactctgaaaaatacctgatctgaagttgctgcatctgctgtctgctttgtgaagtttgcttttcactgaaagtatcctggaattttctttcatgttgttatgcttaatatagatttgtatgccagGATTAACTCCACAATTCAGATTGTGGAACACAAAGAAGCTTTATGCACATCCAACGCTTTGGAGATTTTGAGCAA

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