1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gttctatacacttgttaaccctgtttcctctgtgttcatgtgtgtatttgagtaaaaatccattactaggttttgatagaacatttgaactcaaatgcagGGGTCAGATGGGTTTATCCGAAGAAGAACAGACGAAATCCCAAGAGCTAAGGGTCCAATTAAATGGTGGGACAGGTGATGGAAAGCCCACAAAGGAGACT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv19s0015g00750.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGCTTGAGCAGCATATTGAGAAGGGAGAAATTGTCTATGGACTGTGGAG GGGTCAGATGGGTTTATCCGAAGAAGAACAGACGAAATCCCAAGAGCTAAGEST: gi|122690024|gb|EC946795.1|EC946795
genomic: TTGCTTGAGCAGCATATTGAGAAGGGAGAAATTGTCTATGGACTGTGGAGgtagtttttc ... tcaaatgcagGGGTCAGATGGGTTTATCCGAAGAAGAACAGACGAAATCCCAAGAGCTAAG
EST: TTGCTTGAGCAGCATATTGAGAAGGGAGAAATTGTCTATGGACTGTGGAG GGGTCAGATGGGTTTATCCGAAGAAGAACAGACGAAATCCCAAGAGCTAAG
genomic: TTGCTTGAGCAGCATATTGAGAAGGGAGAAATTGTCTATGGACTGTGGAGgtagtttttc ... tcaaatgcagGGGTCAGATGGGTTTATCCGAAGAAGAACAGACGAAATCCCAAGAGCTAAG
atttgagtaaaaatccattactaggttttgatagaacatttgaactcaaatgcagGGGTCAGATGGGTTTATCCGAAGAAGAACAGACGAAATCCCAAGAGCTAAGGGTCCAATTAAATGGTGGGACAGGTGATGGAAAGCCCACAAAGGAGACT
ttttgat putative branch site (score: 4)
agtaaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttctatacacttgttaaccctgtttcctctgtgttcatgtgtgtatttgagtaaaaatccattactaggttttgatagaacatttgaactcaaatgcagGGGTCAGATGGGTTTATCCGAAGAAGAACAGACGAAATCCCAAGAGCTAAGGGTCCAATTAAATGGTGGGACAGGTGATGGAAAGCCCACAAAGGAGACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - cacttgt
- - - - - - - - -accctgt
- - - - - - - - - - - - - cctctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccattac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atagaaca