Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttgcaattatttcatatttttgtattatgatgcctgatctataaagttcttgtacgatggaatctttttgttaagaaacaacaaattttattgcaaggaatcttatcccgtggttgtttgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGACACCCTTAGCGAGGAATCTTACAAAGACAGCACTTTAATTATGCAGCTC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0014g01420.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0014g01420.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G12220.5 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgcttgcaattatttcatatttttg-tattatgatgcctgatctataaagttcttgtacgatggaatctttttgttaagaaacaacaaattttattgcaaggaatcttatcccgtggttgtttgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGACACCCTTAGCGAGGAATCTTACAAAGACAGCACTTTAATTATGCAGCTC
|||||  |    |||||| || ||  ||  | ||| |    | |  |   ||  ||||      ||    || | ||   |              | ||  ||  ||| | |  || |  |  ||  | ||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| 
gtatgactt---ttattttattttcctgacagtattactgtttaaatgccaacctctt------tgtgtactatgtgcctaagt----tgggccctgtt-taacaaatttaacaccatactc-ttcatatctcagGGCCTGTCACCTTGCTAAGCAGGCATTTGATGAAGCCATCTCTGAGTTGGATACTCTGAGCGAGGAGTCTTACAAAGACAGCACCCTAATTATGCAGCTT

upper sequence: Vv19s0014g01420.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA05G29080.7 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtatgcttgcaattatttcatatttttg-tattatgatgcctgatctataaagttcttgtacgatggaatctttttgttaagaaacaacaaattttattgcaaggaatcttatcccgtggttgtttgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGACACCCTTAGCGAGGAATCTTACAAAGACAGCACTTTAATTATGCAGCTC
|||||  |    |||||| || ||  ||  | ||| ||   | |  |    |  ||||       |    || | ||  ||     |     |        ||  ||| | |  | ||  |  ||  | ||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||| || || |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| 
gtatgactt---ttattttattttcctgacagtattattgtttaattgcccacctctt------cgtgtactatgtgccaa-----agttggtgcctgcttaacaaatttaacacagtactc-ttcatgtctcagGGCCTGTCACCTTGCTAAGCAGGCATTTGATGAAGCAATCTCTGAGTTGGATACTCTGAGCGAGGAGTCTTACAAAGACAGCACCCTAATTATGCAGCTT

upper sequence: Vv19s0014g01420.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: EFJ36243 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 4
gtatgcttgcaattatttcatatttttgtattatgatgcctgatctataaagttcttgtacgatggaatctttttgttaagaaacaacaaattttattgcaaggaatcttatcccgtggttgt-ttgtttct-tagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGACACCCTTAGCGAGGAATCTTACAAAGACAGCACTTTAATTATGCAGCTC
                                                         ||  ||  |  || |  | ||       |      |  | | |||   |  || |  | | |||    |||| |   || |||||||| || || |||||||||||||| || || ||  | ||| ||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| 
---------------------------------------------------------gtgagagcgcctcgtcctcttt----ttagttttctccacttcaactgactttgtggctttgtttcgctgttgcaacagCGCTTGCCAGCTAGCCAAGCAAGCTTTTGACGATGCGATCGCGGAGCTGGACACGCTCAGCGAAGAATCCTACAAGGACAGCACTTTGATCATGCAGCTT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71868950|gb|DT018005.1|DT018005
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTC
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTC
EST: gi|71867720|gb|DT016775.1|DT016775
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|71877337|gb|DT026392.1|DT026392
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGAT
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGAT
EST: gi|77586927|gb|DV222610.1|DV222610
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|71881137|gb|DT030192.1|DT030192
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGC
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGC
EST: gi|77580649|gb|DV219228.1|DV219228
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGC
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGC
EST: gi|33401507|gb|CF207134.1|CF207134
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|161716244|gb|FC066507.1|FC066507
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110364728|gb|EC928194.1|EC928194
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|71876369|gb|DT025424.1|DT025424
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|30251891|gb|CB969624.1|CB969624
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGGANG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGG
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGG-
EST: gi|161713475|gb|FC064040.1|FC064040
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|161716569|gb|FC066230.1|FC066230
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|161719421|gb|FC067668.1|FC067668
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|30126672|gb|CB912011.1|CB912011
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|77580824|gb|DV219328.1|DV219328
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|33403459|gb|CF209086.1|CF209086
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110690696|gb|EE068079.1|EE068079
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110684625|gb|EE062116.1|EE062116
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|30251888|gb|CB969621.1|CB969621
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110688139|gb|EE066347.1|EE066347
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110700468|gb|EE078544.1|EE078544
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|71868345|gb|DT017400.1|DT017400
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110720850|gb|EE097135.1|EE097135
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110703927|gb|EE081301.1|EE081301
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110700161|gb|EE077885.1|EE077885
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|71871805|gb|DT020860.1|DT020860
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|161712034|gb|FC060050.1|FC060050
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110702703|gb|EE078916.1|EE078916
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGANAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|33404615|gb|CF210242.1|CF210242
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCCATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110716473|gb|EE091484.1|EE091484
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|161713958|gb|FC063143.1|FC063143
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCCTTGCAAAGCA-GCTTTTGATGAAGC
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACC-TTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGC
EST: gi|161717772|gb|FC068161.1|FC068161
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|33404411|gb|CF210038.1|CF210038
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGATGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|110698951|gb|EE077033.1|EE077033
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|30251910|gb|CB969643.1|CB969643
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCGAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAG
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAG
EST: gi|110359344|gb|EC920679.1|EC920679
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|71874184|gb|DT023239.1|DT023239
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
EST: gi|71872622|gb|DT021677.1|DT021677
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCT
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCT
EST: gi|110688709|gb|EE067573.1|EE067573
EST:     GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGANAG                         GGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA
genomic: GCTTTAAATTTTTCTGTCTTCTATTATGAGATTATGAATTCACCTGAAAGgtatgcttgc ... tgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agaaacaacaaattttattgcaaggaatcttatcccgtggttgtttgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGACACCCTTAGCGAGGAATCTTACAAAGACAGCACTTTAATTATGCAGCTC
                                           tttgtttctt  CT-rich tract
      aacaaattttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgcttgcaattatttcatatttttgtattatgatgcctgatctataaagttcttgtacgatggaatctttttgttaagaaacaacaaattttattgcaaggaatcttatcccgtggttgtttgtttcttagGGCTTGCCACCTTGCAAAGCAAGCTTTTGATGAAGCTATTTCAGAGTTGGACACCCTTAGCGAGGAATCTTACAAAGACAGCACTTTAATTATGCAGCTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC