1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gcttgctattaaaattcttcataaggcttgatatttgattgctcctcattatacatttttctttttaatttgttaatatgctctttattttttgctacagATTCGAAGTTTGGGTGTTGGAAATTTAAGGCTTTCCTATAAAGTAATGCTTCAAGATGGAGGCAAGAGACTTGGTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv18s0122g01180.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tcattatacatttttctttttaatttgttaatatgctctttattttttgctacagATTCGAAGTTTGGGTGTTGGAAATTTAAGGCTTTCCTATAAAGTAATGCTTCAAGATGGAGGCAAGAGACTTGGTT
tgttaat putative branch site (score: 3)
ctctttattttttgct putative PPT
atttttctttttaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcttgctattaaaattcttcataaggcttgatatttgattgctcctcattatacatttttctttttaatttgttaatatgctctttattttttgctacagATTCGAAGTTTGGGTGTTGGAAATTTAAGGCTTTCCTATAAAGTAATGCTTCAAGATGGAGGCAAGAGACTTGGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
gcttgct
- - - -attaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcctca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgctc