Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtgcatctgacatctattacttttaaaataagataatgttatttctgggaccttatttagagagtctattatcgtcttttgcccttaaattattgtttgcttttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g12960.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32249922|gb|CD715741.1|CD715741
EST:     TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTT                         TGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
genomic: TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTTgtatgtgcat ... ttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
EST: gi|27578891|gb|CB001586.1|CB001586
EST:     TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTT                         TGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
genomic: TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTTgtatgtgcat ... ttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
EST: gi|27581740|gb|CB004435.1|CB004435
EST:     TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTT                         TGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
genomic: TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTTgtatgtgcat ... ttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
EST: gi|27580870|gb|CB003565.1|CB003565
EST:     TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTT                         TGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
genomic: TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTTgtatgtgcat ... ttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
EST: gi|22007151|gb|BQ792185.1|BQ792185
EST:     TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTT                         TGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
genomic: TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTTgtatgtgcat ... ttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
EST: gi|26261297|gb|CA812360.1|CA812360
EST:     TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTT                         TGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
genomic: TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTTgtatgtgcat ... ttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
EST: gi|27578680|gb|CB001375.1|CB001375
EST:     TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTT                         TGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGT
genomic: TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTTgtatgtgcat ... ttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGT
EST: gi|26260812|gb|CA811875.1|CA811875
EST:     TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTT                         TGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
genomic: TGTGTTAAAGATGGAAGATGGAACTGGGCTGCTTCTCCCAATAATTGTTTgtatgtgcat ... ttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagagagtctattatcgtcttttgcccttaaattattgtttgcttttgattccagTGGAAATGCCAAGTGTCTTGCTCATGGCAGCAGTTCGCAATGTTCAAATT
                                           ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                      tttgctttt  CT-rich tract
                           ttaaattattgttt  TA-rich tract