Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acctatgggtggaatgttaaaatttgcaaataaacttgtagatcctttttgaaaatgtcatccactttccaataaagctcatatgataattttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATTTGGGCGAGCAATCATT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g03830.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0001g03830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g66170.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-acctatggg---tggaatgttaaaatttgcaaataaacttgtagatcctttttgaaaatgtcatccactttccaataaagctcatatgataattttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATTTGGGCGAGCAATCATT
  | |||      |  || |  |||| ||| |          |||  ||||||||  ||   | |      ||  |||    || |   |  ||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||
atcttatatccctttaaagggcaaaaattgaaggatcgtcaatagtacctttttgtcaaaaccttgttggctcagata----tctttctaccattgtcatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGATCATGGGCCTATGTCAGTGCTGGTGCATTTGGACGAGCTATAATT

upper sequence: Vv18s0001g03830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G068271_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
acctatgggtggaatgttaaaatttgcaa--ataaacttgtagatcctttttgaaaatgtcatccactttccaataaagctcatatgataattttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATTTGGGCGAGCAATCATT
   |     |  ||| |||  |     ||    ||   |  || |  ||| |  ||| | | |      ||  |||       | || |  |   ||||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||  | || 
-attggaactttaattttatgagggataatgccaacactacagttgttttctttaaaagccttgtttgctctgatatccactttgtgttg-tccccatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGTTCATGGGCTTACGTCAGTGCCGGTGCATTCGGGCGAGCTTTAATC

upper sequence: Vv18s0001g03830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G011479_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
-acctatgggtggaatgtta--aaatttgcaaataaacttgtagatcctttttgaaaatgtcatccactttccaataaagctcatatgataattttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATTTGGGCGAGCAATCATT
    |  |  |  ||| ||   |    ||     ||   |     |  | ||  ||||  |  |   || |   ||  |  |  | | ||   |  ||||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||| || || ||||||||||| |||||||| || |||
tgtttgggactttaattttgtgagggatgatgccaacactagttgttttcttcaaaaaccttgtttgctctgatatccactttgtgttat---tcccatgcagTTGGTTGGGAATGCTTCCAGGTTCATGGGCTTACGTCAGCGCTGGTGCATTCGGGCGAGCTATAATT

upper sequence: Vv18s0001g03830.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G26000.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
--acctatgggtggaatgttaaaatttgcaaataaacttgtagatcctttttgaaaatgtcatccactttccaataaagctcata--tgataattttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATTTGGGCGAGCAATCATT
  | ||||  | | | | |   | | ||   || | || | |   | |||    | || |  | | | |     |    || | |  |||||||| | |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| |||
gtatctatttg-gaactatcccagtatg---attatctggaactgcatttgaacacatatagttctcgtgaatttctgtcttaaaactgataattgttatgcagTTGGTTGGGGATGCTTCCAGGAACATGGGCTTATGTCAGTGCTGGTGCTTTTGGAAGAGCAATAATT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352794480|gb|FQ481713.1|FQ481713
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|30251710|gb|CB969443.1|CB969443
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|349819285|gb|FQ412179.1|FQ412179
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|351034940|gb|FQ458297.1|FQ458297
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAACGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|351034901|gb|FQ458258.1|FQ458258
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGCGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|351057222|gb|FQ450929.1|FQ450929
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAA                         TTGGCTGGGAATGCTTCC
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCC
EST: gi|351036320|gb|FQ458695.1|FQ458695
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGCGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|351032915|gb|FQ461804.1|FQ461804
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGCGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|351033705|gb|FQ462235.1|FQ462235
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|351052004|gb|FQ450695.1|FQ450695
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGCGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|351032199|gb|FQ460456.1|FQ460456
EST:     TTATATGGATTGACATCTGTTAAGGTTTGTTCCATATTGTGTTGGGAAAG                         TTGG-TGGGAATG
genomic: TTATATGGATTGACATCTGTTAAG-TTTGTTCCATAT-GTGTTGGGAA-Ggtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATG
EST: gi|351046526|gb|FQ453142.1|FQ453142
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|30251641|gb|CB969374.1|CB969374
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
EST: gi|352798388|gb|FQ480413.1|FQ480413
EST:     ATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGT
genomic: ATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTT-GGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGT
EST: gi|351041669|gb|FQ455879.1|FQ455879
EST:     TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAG                         TTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT
genomic: TATTTATATGGATTGACATCTGTTAAGTTTGTTCCATATGTGTTGGGAAGgtttgcttct ... tttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttgaaaatgtcatccactttccaataaagctcatatgataattttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATTTGGGCGAGCAATCATT
                                            ttttcat  CT-rich tract
                                   atatgataattttcat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acctatgggtggaatgttaaaatttgcaaataaacttgtagatcctttttgaaaatgtcatccactttccaataaagctcatatgataattttcatgcagTTGGCTGGGAATGCTTCCTGGAACATGGGCTTATGTGAGTGCTGGTGCATTTGGGCGAGCAATCATT

- - - gggtgga
- - - - - - - - - - - - - -aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaag