Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaggaaaactgacactaacctttctaactgacctaattttattggtttggagatgggaatatctactgtattttgtaatttattttagGCTTTATTCATGTCCATGGATCAATGCCTCCAAGGTTTGTTTGTTCTTGCTCATGACCCTATTGCAGAGATTCGAAAATTG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g00910.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv18s0001g00910.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA10G42960.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-----------gtaagg----aaaactgaca-ctaacctttctaactgacctaattttattg--gtttggagatgggaatatctactgtattttgtaatttattttagGCTTTATTCATGTCCATGGATCAATGCCTCCAAGGTTTGTTTGTTCTTGCTCATGACCCTATTGCAGAGATTCGAAAATTG
           || ||     ||  ||  || || |  | |||   |     | | ||| ||  |||||||  ||  | ||   |  ||  |   |  |||  |  |||| ||||   | |||||||||||||  || |||||||||||| |||| ||| |||||||| |||| ||  | || || |||
gtaagtgtattgtgagactctaattctatcatctcagttctctggttattaaagtattactgaagtttggaattgatagta---atagt-ctcaatggttttgtacagGCCTTATATGTATCCATGGATCAATATCTTCAAGGTTTGTTTATTCTCGCTAATGACCCTGTTGCTGAAGTACGGAAGTTG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taattttattggtttggagatgggaatatctactgtattttgtaatttattttagGCTTTATTCATGTCCATGGATCAATGCCTCCAAGGTTTGTTTGTTCTTGCTCATGACCCTATTGCAGAGATTCGAAAATTG
 acctaat  putative branch site (score: 3)
                                             tttatttt  putative PPT
                        aatatctactgtattt  TA-rich tract