Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctatgacagcacttttcttttcagaaaggccacttggctgtttaaggttatattcttttgtatttgatatttaactgtgatctggctgtgatggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTTATCCTTACAAGTCTCCTTCTATTGGGTTTGTCAACAAGATTTTCCATCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g07960.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv17s0000g07960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA17G09940.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
ctatgacagcacttttcttttcagaaaggccacttggctgtttaa--ggttatattcttttgtatttgatatttaactgtgatctggctgtgatggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTTATCCTTACAAGTCTCCTTCTATTGGGTTTGTCAACAAGATTTTCCATCC
  ||  |   |  |||   |      ||  ||   | ||  |||   |  | ||  || ||   ||     || |  | | |  |   ||||||   ||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| || || |||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||
-gatttccttatctttgaatgagctgagcacaaaagactaattacccgtctttaagctatttggttgttccttgatttattacattcatgtgatt-ttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGTGTTGAGCTTCCTGATGCTTACCCGTACAAATCCCCTTCTATTGGCTTTGTGAACAAAATATTCCACCC

upper sequence: Vv17s0000g07960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA05G01980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
------ctatgacagcacttttcttttcagaaaggccacttggctgtttaaggttatattcttttgt-atttgatatttaactgtgatctggctgtgatggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTTATCCTTACAAGTCTCCTTCTATTGGGTTTGTCAACAAGATTTTCCATCC
       |||      |    |    |   |||| | | ||  || | |    |||   | ||| ||  ||   |  || |||   || |   |||||| | ||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || || |||||||| || ||||| || ||||||||||| || || ||||| |||||||| ||
gtttccttatctttaaatgggttgagtacaaaagactaattacctatct----ttaagctatttggttgttccttgatttacta-aattta--tgtgattgttgcagGCCTTTATGAAGGTGGAGTCTGGAAAATTCGGGTTGAGCTTCCTGATGCTTACCCATACAAATCCCCTTCTATTGGCTTCGTGAACAAAATTTTCCACCC

upper sequence: Vv17s0000g07960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S161_122V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
----ctatgacagcacttttcttttcagaaaggccacttggctgtttaaggttatattcttttgtatttgatatttaactgtgatctggctgtgatggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTTATCCTTACAAGTCTCCTTCTATTGGGTTTGTCAACAAGATTTTCCATCC
     |          || | | ||| ||||      || |  |||     | |||||  |       |||      |  | |||    | ||| ||    |||| |  ||| | |  |||   |||||||| || |||||| | || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||
tgagttgcacacatttttgtgtattccgaaactgggattcgtcgttctctat-atattggtaaaagcctgacgagacatcg-gatgaatcggtgttg--cacagGTCCATATCAAGAAGGGACCTGGAAAATCCGAGTTGAATTGCCCGATGCTTATCCCTACAAATCTCCTTCCATTGGGTTTGTGAACAGGATCTTCCATCC

upper sequence: Vv17s0000g07960.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S37_166V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
---ctatgacagcacttttcttttcagaaaggccacttggctgtttaaggttatattcttttgtatttgatatttaactgtgatctggctgtgatggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTTATCCTTACAAGTCTCCTTCTATTGGGTTTGTCAACAAGATTTTCCATCC
    | ||     |||||  |       | |   |      |  ||     |  ||  || || | |    ||   |  | |       || | | |  ||||| |  ||  | |  ||    ||||| || || || ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || | ||| ||||||||
ttggtttgctcagactttcgtgacttacaggattagg-atttacttttctcttcatatttgtgcaatactgatgccatagcggatgaattggggttg--gcagGTCCTTACCAAGAAGGAACCTGGAAGATCCGAGTCGAATTGCCTGATGCTTATCCCTACAAGTCTCCTTCCATTGGGTTTGTGAATAGGATCTTCCATCC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32271062|gb|CD720221.1|CD720221
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|32271807|gb|CD720966.1|CD720966
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|32272372|gb|CD721531.1|CD721531
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|87584867|gb|DY473862.1|DY473862
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|161712684|gb|FC062256.1|FC062256
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|30327528|gb|CD010790.1|CD010790
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|32272391|gb|CD721550.1|CD721550
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|32271578|gb|CD720737.1|CD720737
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|32272363|gb|CD721522.1|CD721522
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|30324813|gb|CD008075.1|CD008075
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|27586958|gb|CB009653.1|CB009653
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
EST: gi|32270967|gb|CD720126.1|CD720126
EST:     AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAA                         GCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT
genomic: AAATGATGGACTCAATGAATTCAATGTGGAATTCCATGGACCAAAAGAAAgtactgtctt ... atggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttatattcttttgtatttgatatttaactgtgatctggctgtgatggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTTATCCTTACAAGTCTCCTTCTATTGGGTTTGTCAACAAGATTTTCCATCC
                       atttaac  putative branch site (score: 3)
     tattcttttgtatttg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctatgacagcacttttcttttcagaaaggccacttggctgtttaaggttatattcttttgtatttgatatttaactgtgatctggctgtgatggctgcagGCCTCTATGAGGGTGGGGTGTGGAAAATTCGTGTTGAACTCCCAGATGCTTATCCTTACAAGTCTCCTTCTATTGGGTTTGTCAACAAGATTTTCCATCC

- - - - - - - - - - -cagaaag
- - - - - - - - - - - - - - gccactt
- - - - - - - - - - - - - - - - - tggctgt