Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggtggttttattgaaattttctgcatcaaattccaacttattttgttgattttatcaactcttctggtcaaaaatacatttttggtaatacaagagtctctttgatgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTATCAGAATTAAAGATGGGAATCAACGTGCTCGTCGTTTGCTTGGCAAGTAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g06860.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71889052|gb|DT038107.1|DT038107
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|71885181|gb|DT034236.1|DT034236
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|110418340|gb|EC984487.1|EC984487
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|30330505|gb|CD013767.1|CD013767
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|27586846|gb|CB009541.1|CB009541
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|352773351|gb|FQ470938.1|FQ470938
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|110430333|gb|EC996884.1|EC996884
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|110412633|gb|EC978388.1|EC978388
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|32269033|gb|CD718192.1|CD718192
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|32457663|gb|CD798837.1|CD798837
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|32456715|gb|CD797889.1|CD797889
EST:     GAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: GAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|110410237|gb|EC975915.1|EC975915
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|71890575|gb|DT039630.1|DT039630
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
EST: gi|71883490|gb|DT032545.1|DT032545
EST:     TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAG                         TCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT
genomic: TTGGACGAGCTGAAGTACATGGCTGTTGACATGGGAACTGAAATTGAAAGgttggtggtt ... atgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttctggtcaaaaatacatttttggtaatacaagagtctctttgatgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTATCAGAATTAAAGATGGGAATCAACGTGCTCGTCGTTTGCTTGGCAAGTAG
                                        ctttgat  putative branch site (score: 5)
          aaaaatacatttttgg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggtggttttattgaaattttctgcatcaaattccaacttattttgttgattttatcaactcttctggtcaaaaatacatttttggtaatacaagagtctctttgatgattgcagTCATAACCGAGCCTTGGCTCCTATGGAGGATGATGTGGATGTGTTAAGTATCAGAATTAAAGATGGGAATCAACGTGCTCGTCGTTTGCTTGGCAAGTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG