Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcagaacttgaggatttaagatatataattactcacagcagttattctttgcacaatgacttgtaacttctaaaatctcatcttgttatgtgattacactgcagAAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGACCAATATGATTATGATGATGACGATGATAGTGATTGGGAGCCCTTGCCGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv17s0000g04120.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|294966627|gb|GW839618.1|GW839618
EST:     GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCT                         AAAAGAGTGAGGCAGCAGGAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC
genomic: GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCTgtaagcagaa ... tacactgcagAAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC
EST: gi|352769473|gb|FQ471622.1|FQ471622
EST:     GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCT                         AAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC
genomic: GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCTgtaagcagaa ... tacactgcagAAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC
EST: gi|161714632|gb|FC064222.1|FC064222
EST:     GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCT                         AAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC
genomic: GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCTgtaagcagaa ... tacactgcagAAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC
EST: gi|352782355|gb|FQ470258.1|FQ470258
EST:     GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCT                         AAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC
genomic: GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCTgtaagcagaa ... tacactgcagAAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC
EST: gi|352778373|gb|FQ465683.1|FQ465683
EST:     GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCT                         AAAAGAGTGAGGCAGCAGAAATAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC
genomic: GAGATATGGCAGACAATCTAAATGGAAGCATGCTACCAGATATTATATCTgtaagcagaa ... tacactgcagAAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgcacaatgacttgtaacttctaaaatctcatcttgttatgtgattacactgcagAAAAGAGTGAGGCAGCAGAAAGAAATGACTTTGGAAGATATGTATAATGACCAATATGATTATGATGATGACGATGATAGTGATTGGGAGCCCTTGCCGG
                  ttctaaa  putative branch site (score: 2)
                  ttctaaaat  TA-rich tract