1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aattttgaaattaatcatggttgtgtttgttaggttttgttttttcacttttggaaaattgttagagtgttctaatcatggtatataatgagagtttcagGCCACAGCTGCCGAGGATGATGATGATGATGATGTGGATCTGTTTGGTGAAGAAACTGAAGAAGAAAAGAAGGCTGCTGAAGCACGAGCGGCAGCTGTCA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv17s0000g01540.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATTTGCTCCTGTTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAG GCCGCAGCTGCTGA-G--GATGATGATGATGATGTGGATCTGTTTGGTGAAEST: gi|71867690|gb|DT016745.1|DT016745
genomic: GATTTGCTCCTGTTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAGgtaagctgtt ... agagtttcagGCCACAGCTGCCGAGGATGATGATGATGATGATGTGGATCTGTTTGGTGAA
EST: GATTTGCTCCTGTTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAG GCCGCAGCTGCCGAGGATGATGATGATGATEST: gi|110703308|gb|EE080039.1|EE080039
genomic: GATTTGCTCCTGTTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAGgtaagctgtt ... agagtttcagGCCACAGCTGCCGAGGATGATGATGATGAT
EST: GATTTGCTCCTGTTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAA GCCGCAGCTGCTGAGGATGATGATGATGATG-TG-G-ATCTGTTTGGTGAAEST: gi|110701720|gb|EE079612.1|EE079612
genomic: GATTTGCTCCTGTTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAGgtaagctgtt ... agagtttcagGCCACAGCTGCCGAGGATGATGATGATGATGATGTGGATCTGTTTGGTGAA
EST: GATTTGCTCCTGTTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAG GCCGCAGCTGCTGA-G--GATGATGATGATGATGTGGATCTGTTTGGTGAAEST: gi|37190706|gb|CF610055.1|CF610055
genomic: GATTTGCTCCTGTTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAGgtaagctgtt ... agagtttcagGCCACAGCTGCCGAGGATGATGATGATGATGATGTGGATCTGTTTGGTGAA
EST: GATTTGCTCCTGCTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAG GCCGCAGCTGCCGAG
genomic: GATTTGCTCCTGTTGATGCAGTTGCAACTCCTCCTGCTGAAGACACTAAGgtaagctgtt ... agagtttcagGCCACAGCTGCCGAG
cacttttggaaaattgttagagtgttctaatcatggtatataatgagagtttcagGCCACAGCTGCCGAGGATGATGATGATGATGATGTGGATCTGTTTGGTGAAGAAACTGAAGAAGAAAAGAAGGCTGCTGAAGCACGAGCGGCAGCTGTCA
ttctaat putative branch site (score: 2)
aaaattgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattttgaaattaatcatggttgtgtttgttaggttttgttttttcacttttggaaaattgttagagtgttctaatcatggtatataatgagagtttcagGCCACAGCTGCCGAGGATGATGATGATGATGATGTGGATCTGTTTGGTGAAGAAACTGAAGAAGAAAAGAAGGCTGCTGAAGCACGAGCGGCAGCTGTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - -aaattaa
- - - - - - - - - ggttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catggta