1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gagcacattctctctccccccctccccccctctcttcctctgtgggatcttaagtaagtcctatattataatcttgacaccaaaattctttatgtcacagGGGATGTTGCTTTCAAGATCCTAGAAACCATAAACAAAATGAAGCTCCGAACCATGCACAATGTCCCTGAAGACGAGTTACAGGAAGAAACTCAGATATA
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0039g01590.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTGCATCCATTTCCTGGAATGAAGCATCTTGATGTGGCTGGTGGAACAG GGGATGTTGCTTTCAAGATCCTAGAAACCATAAACAAAATGAAGCTCCGAA
genomic: ATTGCATCCATTTCCTGGAATGAAGCATCTTGATGTGGCTGGTGGAACAGgttagcatac ... tatgtcacagGGGATGTTGCTTTCAAGATCCTAGAAACCATAAACAAAATGAAGCTCCGAA
gatcttaagtaagtcctatattataatcttgacaccaaaattctttatgtcacagGGGATGTTGCTTTCAAGATCCTAGAAACCATAAACAAAATGAAGCTCCGAACCATGCACAATGTCCCTGAAGACGAGTTACAGGAAGAAACTCAGATATA
tcttgac putative branch site (score: 3)
ttctttat putative PPT
tatattataatcttga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gagcacattctctctccccccctccccccctctcttcctctgtgggatcttaagtaagtcctatattataatcttgacaccaaaattctttatgtcacagGGGATGTTGCTTTCAAGATCCTAGAAACCATAAACAAAATGAAGCTCCGAACCATGCACAATGTCCCTGAAGACGAGTTACAGGAAGAAACTCAGATATA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- -cacattc
- - - - - -ctctccc
- - - - - - - - - -ccctccc
- - - - - - - - - - - - - -ccctctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - cctctgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acaccaa