1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttctctaattatgttagacagacttgaagacaccccttcatctcatgcttatattcttgatgctcatgtttggatctttcccttctcttgtttgctgcagGAACCACAACTAACTGCCAACGAACCATTTGACGTGTACTCAAAGCCTTTCATCCTCTGACTCAGAGAGCTCAATTGCTCAATGCTCCATCCTGTGGCTT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv16s0013g00220.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTCACCATGCTTTTGACAGGACAGAGTCTTAGTGGTGGGTTGAGGCAG GAACCACAACTAACTGCCAACGAACCATTTGACGTGTACTCAAAGCCTTTCEST: gi|22013877|gb|BQ798911.1|BQ798911
genomic: TTCTCACCATGCTTTTGACAGGACAGAGTCTTAGTGGTGGGTTGAGGCAGgtatgttttt ... tttgctgcagGAACCACAACTAACTGCCAACGAACCATTTGACGTGTACTCAAAGCCTTTC
EST: TTCTCACCATGCTTTTGACAGGACAGAGTCTTAGTGGTGGGTTGAGGCAG GAACCACAACTAACTGCCAACGAACCATTTGACGTGTACTCAAAGCCTTTC
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tgcttatattcttgatgctcatgtttggatctttcccttctcttgtttgctgcagGAACCACAACTAACTGCCAACGAACCATTTGACGTGTACTCAAAGCCTTTCATCCTCTGACTCAGAGAGCTCAATTGCTCAATGCTCCATCCTGTGGCTT
tcttgat putative branch site (score: 4)
tctttcccttctcttg putative PPT
atattctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctctaattatgttagacagacttgaagacaccccttcatctcatgcttatattcttgatgctcatgtttggatctttcccttctcttgtttgctgcagGAACCACAACTAACTGCCAACGAACCATTTGACGTGTACTCAAAGCCTTTCATCCTCTGACTCAGAGAGCTCAATTGCTCAATGCTCCATCCTGTGGCTT
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- - - - - - - -agacaga
- - - - - - - - - - - - - aagacac
- - - - - - - - - - - - - - - - -cccttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctcatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctcatg