Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcttattattagatgatcttggttgctccactggtagataagcataaatgacgtgcaatataaggctctgattgttgatatctccattgtttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAGGCATTAGCTGAACTTGGCTTCCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g01290.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g01290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA03G02240.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
--tcttattattagatgatcttggttgctccactggtagataagcataaatgacgtgcaatataaggctctgattgt-tgatatctccattgtttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAGGCATTAGCTGAACTTGGCTTCCAG
  | | | | |||  |||   | |||  |  |   |||         | ||    |  | ||| |  |||  ||| | |  | ||| | ||  || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |   || |||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  | 
gttttaagttttaactgactgttgttatt--atgagtaatggccttcatattgaatcaattatcaatctcatattttgtattttctacttttgttcatgaa-gGTGGGCAAGACATTATCTTATGGAAATGGAA---GATTAGATGATGGCAAGGCTTTAGCCGAACTTGGTTTTGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34320559|gb|CF373313.1|CF373313
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|77580933|gb|DV219396.1|DV219396
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|110387106|gb|EC951749.1|EC951749
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|34416260|gb|CF415014.1|CF415014
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|352795349|gb|FQ476464.1|FQ476464
EST:     CCTTTGCTTTTGCCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|110692354|gb|EE071504.1|EE071504
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGTTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|110391304|gb|EC956269.1|EC956269
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|34415403|gb|CF414157.1|CF414157
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|83277004|gb|DV941012.1|DV941012
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|77582171|gb|DV220047.1|DV220047
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|71876098|gb|DT025153.1|DT025153
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|34319505|gb|CF372259.1|CF372259
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|32249822|gb|CD715641.1|CD715641
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|27584880|gb|CB007575.1|CB007575
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|71871892|gb|DT020947.1|DT020947
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|110686597|gb|EE064413.1|EE064413
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGTTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|351043680|gb|FQ431033.1|FQ431033
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGTTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|110406199|gb|EC971762.1|EC971762
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGTTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|71871238|gb|DT020293.1|DT020293
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|30330289|gb|CD013551.1|CD013551
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|110686299|gb|EE063779.1|EE063779
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGTTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|110384243|gb|EC948668.1|EC948668
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|71872736|gb|DT021791.1|DT021791
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|32265218|gb|CD716807.1|CD716807
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|87585618|gb|DY474262.1|DY474262
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|30329674|gb|CD012936.1|CD012936
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|71870444|gb|DT019499.1|DT019499
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|349826849|gb|FQ418940.1|FQ418940
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|51050834|gb|CO818752.1|CO818752
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACANNNNNNNATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|110710456|gb|EE086805.1|EE086805
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
EST: gi|51989993|gb|CV179448.1|CV179448
EST:     CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAG                         GTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG
genomic: CCTTTGCTTTTGTCTATCCTGATACAAATGGCCGCTTTGTGCTGAGAGAGgtaaatactt ... ttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatgacgtgcaatataaggctctgattgttgatatctccattgtttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAGGCATTAGCTGAACTTGGCTTCCAG
           aatataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcttattattagatgatcttggttgctccactggtagataagcataaatgacgtgcaatataaggctctgattgttgatatctccattgtttgatgaaagGTGGGCAAGACATTTTCTTATGGAAATGGGAAACGACTAGATGATGGCAAGGCATTAGCTGAACTTGGCTTCCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - gctccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagcataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gacgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgattg