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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cccatgcatacaagtgtaacaacattataaaaaataaaaacaaaaataaaaaataaaacgtatctttgagattaatctaattgcaaactttaacatttagGTATGGGTTTACAAGAAATCAGCTGAAGAGCTCCCTGTACTGAAACTATATTCAGATGAAGCTCCTCCTACTGATAAATTTGCCACACATGAAGTCAGGG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g00940.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataaaaaataaaacgtatctttgagattaatctaattgcaaactttaacatttagGTATGGGTTTACAAGAAATCAGCTGAAGAGCTCCCTGTACTGAAACTATATTCAGATGAAGCTCCTCCTACTGATAAATTTGCCACACATGAAGTCAGGG
                                          ctttaac  putative branch site (score: 3)
                                       aaactttaacattta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cccatgcatacaagtgtaacaacattataaaaaataaaaacaaaaataaaaaataaaacgtatctttgagattaatctaattgcaaactttaacatttagGTATGGGTTTACAAGAAATCAGCTGAAGAGCTCCCTGTACTGAAACTATATTCAGATGAAGCTCCTCCTACTGATAAATTTGCCACACATGAAGTCAGGG

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-ccatgca
- - - - - - - -gtaacaa
- - - - - - - - - - - - - - aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa
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