1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...tgttaaactttcataatgcaacttgctttccatcttttttctctggtttttcaaaatcaccttcaatctgaaatttggttttatgttctggtttctgcagTGTTGATGAGCAGGTGGCTAAGGATATACAACTAATTGATTCTATTGCTGAGAGACAAGCTCAAATTTTCTCAGAAGAGTGCAAGTTGTTTCCTGCAGAT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0024g01470.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTGTTGATCTTGTGGAGGCAAGCATCTATGCTGATAATCCAGAATGGAG TGTTGATGAGCAGGTGGCTAAGGATATACAACTAATTGATTCTATTGCTGA
genomic: ATTGTTGATCTTGTGGAGGCAAGCATCTATGCTGATAATCCAGAATGGAGgtggagatga ... gtttctgcagTGTTGATGAGCAGGTGGCTAAGGATATACAACTAATTGATTCTATTGCTGA
gtttttcaaaatcaccttcaatctgaaatttggttttatgttctggtttctgcagTGTTGATGAGCAGGTGGCTAAGGATATACAACTAATTGATTCTATTGCTGAGAGACAAGCTCAAATTTTCTCAGAAGAGTGCAAGTTGTTTCCTGCAGAT
tttctgc CT-rich tract
aaatttggttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgttaaactttcataatgcaacttgctttccatcttttttctctggtttttcaaaatcaccttcaatctgaaatttggttttatgttctggtttctgcagTGTTGATGAGCAGGTGGCTAAGGATATACAACTAATTGATTCTATTGCTGAGAGACAAGCTCAAATTTTCTCAGAAGAGTGCAAGTTGTTTCCTGCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - -atgcaac
- - - - - - - - - - - - - - -ccatctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcaaaa