Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatcatggacaggatttgatgttcaaagcatgtttttgcccatttgtgtgtgtaggactatgcaatgtgcctaaatggtttgattgttttgttgaagcagGCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTTCAGGGACCCCCATGGGCTGGAGGAGGCATGCCAGATGGCACTGCCTCTCG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g01650.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110412354|gb|EC978101.1|EC978101
EST:     TGGGAATGTTCATGGACCATATGGCCTTCTCACCACATTTCCCCCTGGAG                         GCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTTC
genomic: TGGGAATGTTCATGGACCATATGGCCTTCTCACCACATTTCCCCCTGGAGgtactccatc ... gttgaagcagGCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTTC
EST: gi|110721133|gb|EE097779.1|EE097779
EST:     TGGGAATGTTCATGGACCATATGGCCTTCTCACCACATTTCCCCCTGGAG                         GCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTTC
genomic: TGGGAATGTTCATGGACCATATGGCCTTCTCACCACATTTCCCCCTGGAGgtactccatc ... gttgaagcagGCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTTC
EST: gi|26263220|gb|CA814283.1|CA814283
EST:     GGGAATGTTCATGGACCATATGGCCTTCTCACCACATTTCCCCCTTGAAG                         GCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTT
genomic: GGGAATGTTCATGGACCATATGGCCTTCTCACCACATTTCCCCC-TGGAGgtactccatc ... gttgaagcagGCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTT
EST: gi|77587773|gb|DV223079.1|DV223079
EST:     TGGGAATGTTCATGGACCATATGGCCTTCTCACCACATTTCCCCCTGGAG                         GCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTTC
genomic: TGGGAATGTTCATGGACCATATGGCCTTCTCACCACATTTCCCCCTGGAGgtactccatc ... gttgaagcagGCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgtgtgtaggactatgcaatgtgcctaaatggtttgattgttttgttgaagcagGCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTTCAGGGACCCCCATGGGCTGGAGGAGGCATGCCAGATGGCACTGCCTCTCG
                                         ttttgtt  CT-rich tract
                                     attgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatcatggacaggatttgatgttcaaagcatgtttttgcccatttgtgtgtgtaggactatgcaatgtgcctaaatggtttgattgttttgttgaagcagGCATGGGTTATGGTTCAGGTCCTGCTATCAGTGGATATGGATTTGGCTTTCAGGGACCCCCATGGGCTGGAGGAGGCATGCCAGATGGCACTGCCTCTCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- -catggac
- - - - - - - - - - - -caaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcctaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggtttg