Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctgtcccaaacccccctaattcagtcgtctcaaatctttcctccaactcatggttttgtgtgccttcatgcagATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAACTGCATTTCAAACCCAGCACTACCCTTCGGTTCATCTCTCGGAACATAT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0171g00400.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv14s0171g00400.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA16G06750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
---------------------------gtgctgtcccaaacccccctaattca---gtcgtctcaaatctttcctccaactcatgg---------------------ttttgtgtgccttcatgcagATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAACTGCATTTCAAACCCAGCACTACCCTTCGGTTCATCTCTCGGAACATAT
                               | ||| ||||||   | |||      ||  |     | |||  | |||   |  |                     |||| | |   ||  || |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||| || | || ||||| || |  || ||||| || ||    || ||  | |
gtgaaattcagtttctcttactcttgtccattatccaaaacccttttgattttagcatcaccctttctttttggttcaaaaaacagaagtcatcaagagtaactcttttttttttttttttttgtagATTTATGCAATGCCAGTGTTTGACATGATTGAAACTGTGATGGTGAAGAAATTGAACTTTAAACCTAGTATGACACTTCGTTTTATTGTACGCAATCTGT

upper sequence: Vv14s0171g00400.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA19G24520.1 (Glycine max), 3'ss of exon 3
-------------------gtgctgtcccaaacccccctaatt----cagtcgtctcaaatctt----tcctccaactcatggttttgtgtgccttcatgcagATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAACTGCATTTCAAACCCAGCACTACCCTTCGGTTCATCTCTCGGAACATAT
                      ||   | ||| ||  ||||||    || | ||   |||   |    | ||| |    |   | || | |   || ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||| |||||  || | |||||||| || | ||| ||||| |||||    || ||| | |
gtgaaattcagtttctcttactcttatctaaaaccttctaattttaacattggttcaaaaaactaaagtgctctagagta-actcttttttttgttgatgtagATTTATGCAATGCCAGTGTTTGACATGATTGAAACTGTGATGGTGAAGAAGTTGAACTTCAAACCTAGTAGTACACTTCGTTTCATTGTACGCAACGTGT

upper sequence: Vv14s0171g00400.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA19G22590.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
--------------------------gtgctgtcccaaacccccctaattcagtcgtctcaaatctttcctccaactcatggttttgtgtgcct--tcatgcagATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAACTGCATTTCAAACCCAGCACTACCCTTCGGTTCATCTCTCGGAACATAT
                           |  | | | |  |     |||   |     || |||   |    | || |    | ||| |||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||  |||| |||||| || ||||| |||| ||||  |  ||||| ||  |    || ||  |||
taatgttctcgtactgtgtaataatttttttttactagtcaatgttaaagtaactagctaaaactat----caaaattgctgctttttgtgactgttgatgtagATTTATGCAATGCCAGTGTTTGACATGATTGAAACGGTGATGGTCAAGAAATTGAATTTCGAACCAAGCAGAATGCTTCGTTTTGTTGTACGTAATGTAT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|161712409|gb|FC061714.1|FC061714
EST:     TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAG                         ATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAA
genomic: TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAGgtgctgtccc ... cttcatgcagATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAA
EST: gi|32248067|gb|CD713886.1|CD713886
EST:     TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAA                         ATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATA
genomic: TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAGgtgctgtccc ... cttcatgcagATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATA
EST: gi|110700407|gb|EE078411.1|EE078411
EST:     TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAG                         ATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAA
genomic: TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAGgtgctgtccc ... cttcatgcagATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAA
EST: gi|32247418|gb|CD713237.1|CD713237
EST:     TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAG                         ATTTATGCTATGCCAGTG
genomic: TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAGgtgctgtccc ... cttcatgcagATTTATGCTATGCCAGTG
EST: gi|161716023|gb|FC069114.1|FC069114
EST:     TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAG                         ATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAA
genomic: TTGCTATGGCCAACATGTTCGTGGTCATCCATGTTATTGGAAGCTATCAGgtgctgtccc ... cttcatgcagATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attcagtcgtctcaaatctttcctccaactcatggttttgtgtgccttcatgcagATTTATGCTATGCCAGTGTTTGATATGATAGAAACTGTCTTGGTAAAGAAACTGCATTTCAAACCCAGCACTACCCTTCGGTTCATCTCTCGGAACATAT
 ccctaat  putative branch site (score: 3)
                                          tgccttc  putative PPT
             aaatcttt  TA-rich tract