Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgcatctatattatgcttgaataaatattatgataacgtgagctatgataaccaaattgaatagcatgtgttgtgttgggcttcttagatagagatgttatctacactgaaactgtatccaattttatgcagGATTTCCTGGTGACCTCATTGCCACCGTCACATATATGCTTGTTGGTGATTATCAATTGATTGTAACCATGAAAGCCAAAGCTCTAAACAAGGCCACCCC

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv14s0108g00270.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110698658|gb|EE076404.1|EE076404
EST:     TCATTCTCCTTACATCATGTTCAGCTATCACAGCTTAGATGGTGAAGAAG                         GATTTCCTGGTGACCTCATTGCCACCGTCACATATGTGCTTGTTGGTGATT
genomic: TCATTCTCCTTACATCATGTTCAGCTATCACAGCTTAGATGGTGAAGAAGgtaagtgcat ... ttttatgcagGATTTCCTGGTGACCTCATTGCCACCGTCACATATATGCTTGTTGGTGATT
EST: gi|110693694|gb|EE070148.1|EE070148
EST:     TCATTCTCCTTACATCATGTTCAGCTATCACAGCTTAGATGGTGAAGAAG                         GATTTCCTGGTGACCTCATTGCCACCGTCACATATATGCTTGTTGGTGATT
genomic: TCATTCTCCTTACATCATGTTCAGCTATCACAGCTTAGATGGTGAAGAAGgtaagtgcat ... ttttatgcagGATTTCCTGGTGACCTCATTGCCACCGTCACATATATGCTTGTTGGTGATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gggcttcttagatagagatgttatctacactgaaactgtatccaattttatgcagGATTTCCTGGTGACCTCATTGCCACCGTCACATATATGCTTGTTGGTGATTATCAATTGATTGTAACCATGAAAGCCAAAGCTCTAAACAAGGCCACCCC
                                           aattttat  TA-rich tract