1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tcccttgacacattttttaaattaatgagaacaaatatgccatttctgttgctaatcagtcaaaagtaatgtgatgcaattgttactgtatgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCAGGAGAAATACAACGGTTTGCTCAGCCGCAGAATAGT
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv14s0006g01790.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|352781654|gb|FQ468952.1|FQ468952
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|352778017|gb|FQ467070.1|FQ467070
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|71870097|gb|DT019152.1|DT019152
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|349826342|gb|FQ417839.1|FQ417839
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|349826549|gb|FQ418640.1|FQ418640
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351055499|gb|FQ442295.1|FQ442295
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|352777870|gb|FQ466923.1|FQ466923
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|352763933|gb|FQ465383.1|FQ465383
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351047302|gb|FQ454913.1|FQ454913
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351055347|gb|FQ441945.1|FQ441945
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATCATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|352769825|gb|FQ468753.1|FQ468753
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351019898|gb|FQ439715.1|FQ439715
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|77587229|gb|DV222748.1|DV222748
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|161712389|gb|FC061694.1|FC061694
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|352777639|gb|FQ466692.1|FQ466692
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|352768049|gb|FQ467448.1|FQ467448
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351056118|gb|FQ453580.1|FQ453580
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|352768397|gb|FQ469573.1|FQ469573
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351016119|gb|FQ432074.1|FQ432074
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351043324|gb|FQ451376.1|FQ451376
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351016022|gb|FQ431977.1|FQ431977
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|71873314|gb|DT022369.1|DT022369
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351032857|gb|FQ461746.1|FQ461746
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|110425826|gb|EC992219.1|EC992219
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|351044375|gb|FQ452927.1|FQ452927
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATCTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|352790248|gb|FQ481447.1|FQ481447
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCEST: gi|161718844|gb|FC066359.1|FC066359
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
EST: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAG GGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
genomic: GGAGGGAGTTGCCTATTACAACAGGCTGATTAACTACATGCTCAAAAAAGgtagtcataa ... tgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCC
ctgttgctaatcagtcaaaagtaatgtgatgcaattgttactgtatgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCAGGAGAAATACAACGGTTTGCTCAGCCGCAGAATAGT
tgctaat putative branch site (score: 2)
aaaagtaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcccttgacacattttttaaattaatgagaacaaatatgccatttctgttgctaatcagtcaaaagtaatgtgatgcaattgttactgtatgacttgtagGGATTATCCCATATGCAAATTTATATCACTATGATCTTCCTCTAGTGCTCCAGGAGAAATACAACGGTTTGCTCAGCCGCAGAATAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
-cccttga
- - - - - - - - - aaattaa
- - - - - - - - - - - - - - gaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaagta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgcaa