1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaccccagctaatatttcgtcaaccttacagtttggtggggatgggttgcccaagtttaacacaaaaacttaatgtaatgttttgggtaccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGTCAATGCTGCCTTCCTGGCTACCCTGTACAGTGATTATCTTGAAGCTGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0035g02180.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAG GAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGEST: gi|33402286|gb|CF207913.1|CF207913
genomic: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAGgtaccccagc ... ccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTG
EST: ATTATGTGCTCATA-CGATCCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAG GAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGEST: gi|110703053|gb|EE079560.1|EE079560
genomic: ATTATGTGCTCATACCTA-CCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAGgtaccccagc ... ccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTG
EST: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAG GAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGEST: gi|110716453|gb|EE091450.1|EE091450
genomic: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAGgtaccccagc ... ccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTG
EST: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAG GAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGEST: gi|33409937|gb|CF215564.1|CF215564
genomic: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAGgtaccccagc ... ccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTG
EST: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAG GAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGEST: gi|110715796|gb|EE094253.1|EE094253
genomic: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAGgtaccccagc ... ccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTG
EST: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAG GAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGEST: gi|30298694|gb|CB975488.1|CB975488
genomic: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAGgtaccccagc ... ccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTG
EST: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAG GAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGEST: gi|33407421|gb|CF213048.1|CF213048
genomic: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAGgtaccccagc ... ccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTG
EST: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAG GAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTG
genomic: AATTATGTGCTCATACCTACCGATTTTCACAAGCTTTAACAGAACAAAAGgtaccccagc ... ccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTG
ggttgcccaagtttaacacaaaaacttaatgtaatgttttgggtaccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGTCAATGCTGCCTTCCTGGCTACCCTGTACAGTGATTATCTTGAAGCTGC
tacccctt CT-rich tract
aaaaacttaatgtaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaccccagctaatatttcgtcaaccttacagtttggtggggatgggttgcccaagtttaacacaaaaacttaatgtaatgttttgggtaccccttgcagGAGGCTTGATCCAATTAAACCATGGAAGGCCACAACCACTTCAATACATTGTCAATGCTGCCTTCCTGGCTACCCTGTACAGTGATTATCTTGAAGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC