Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgtccttaaatggaagtgcctttcaattgaggtgcctgttgaatcatttttcccttagggggatatatgatgctatagttgatctgtttcctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCCTAATTACAAGATTACAGCTCTTCTGGACCATTTAGCAATGATTACAGTT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0035g00640.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0035g00640.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA08G13320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
tgtccttaaatggaagtgcc-tttcaattgaggtg-cctgttgaatcatttttcccttagg----gggatatatgatgc---tatagttgatctgtttcctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCCTAATTACAAGATTACAGCTCTTCTGGACCATTTAGCAATGATTACAGTT
            | | || | ||| | |  |  || ||||    ||  || |||  || ||    | | |  | | |     | || | ||     | |||  |||||||||||||||| || || | ||||||| ||||||||||||  |  |||||||||| ||||| || || || ||||| |||||  | |||||||| || |||
------------gtactgtcattttactatatctgtcctgcctgattcttattcttttgggacaagaggttcaaggtatctatgtaatggaataaatgccttcctgcagCATGAAGTGGATTAAAGTCAAGATGGAACAACTTGGGGTGTTGGACAATCCTAACTACAAAATCACCGCACTTCTTGACCACATGGCAATGATCACGGTT

upper sequence: Vv12s0035g00640.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA05G30160.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
tgtccttaaatggaagtgcctttcaattgaggtgcctgttgaatcatttttcccttagggggata---tatgatgctatagttgatctgtttcctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCCTAATTACAAGATTACAGCTCTTCTGGACCATTTAGCAATGATTACAGTT
 || ||   ||   | |   |    |||  | |  || |  | |  || |||  || ||   |||   | | |||  ||   || |   ||  ||  |||||||||||||||| || || | ||||||| ||||||||||||  |   ||||||||| ||||| || || || ||||| |||||  | |||||||| || |||
-gtactgccatcttactttatccgtattctgtt--ctatcaattttttattcttttgggacaataatttgtaatggaatgaatgctacattcacttcctgcagCATGAAGTGGATTAAAGTCAAGATGGAACAACTTGGGGTGTTGGGCAATCCTAACTACAAAATCACCGCACTTCTTGACCACATGGCAATGATCACGGTT

upper sequence: Vv12s0035g00640.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT4G06599.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
tgtccttaaatggaagtgcctttcaattgaggtgcctgttgaatcatttttcccttagggggatatatgatgctatagttgatctgtttcctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCCTAATTACAAGATTACAGCTCTTCTGGACCATTTAGCAATGATTACAGTT
          ||    ||   ||   ||||  |     |    || | |  |  ||   |   |   |||||||| |||| ||| ||||  | ||||||| ||||||||||| || |||||||||  | | || || || || ||||||||||| |||||| | || |||||||| |||||| | |||||||| || || 
---------gtgatgttgttgttagtttgacattttaatct--tcgtgtagcttttgtagctctgc-tgatgctagagtt-atccgtttggtttctgcagTATGAAGTGGGTGGAGTTGAAGATGACAGAGCTGGGAGTGCTGAACAATCCTAACTACAAGGTCACGGCTCTTCTCGACCATCTTGCAATGATCACGGTC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27582732|gb|CB005427.1|CB005427
EST:     CTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: CTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
EST: gi|110730895|gb|EE108499.1|EE108499
EST:     CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGGTACTCA-CAAT
genomic: CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATG-AAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGG-TACTCAACAAT
EST: gi|110731088|gb|EE108908.1|EE108908
EST:     CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
EST: gi|110712069|gb|EE089270.1|EE089270
EST:     CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
EST: gi|30129062|gb|CB914401.1|CB914401
EST:     CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
EST: gi|110362932|gb|EC926494.1|EC926494
EST:     CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAGCTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
EST: gi|110398569|gb|EC965022.1|EC965022
EST:     CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAGCTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
EST: gi|110380341|gb|EC945597.1|EC945597
EST:     CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAGCTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
EST: gi|110731285|gb|EE105571.1|EE105571
EST:     CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
EST: gi|110393671|gb|EC959079.1|EC959079
EST:     AGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: AGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
EST: gi|294966960|gb|GW839835.1|GW839835
EST:     CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAG                         CATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC
genomic: CTCTCAGCTGTATATGCTGAGTATGATATCATAATATGGTCTGCAACCAGgtcagatttc ... ctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttttcccttagggggatatatgatgctatagttgatctgtttcctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCCTAATTACAAGATTACAGCTCTTCTGGACCATTTAGCAATGATTACAGTT
                               agttgat  putative branch site (score: 5)
                                     tctgtttcctatct  CT-rich tract
                 atatatgat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgtccttaaatggaagtgcctttcaattgaggtgcctgttgaatcatttttcccttagggggatatatgatgctatagttgatctgtttcctatctgcagCATGAAGTGGGTTGAATTGAAGATGGGACAACTTGGGGTACTCAACAATCCTAATTACAAGATTACAGCTCTTCTGGACCATTTAGCAATGATTACAGTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - -aaatgga
- - - - - - - - tgccttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - cctgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggggat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgtttc