1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...attgtagcatttccaatgcaaaaaattatctcaaagaaaccttcttttgttatcatactccatattattggttttaggtgattattattgtcttatgcagCTATGCCCTCTTTGATATGGATGGGAATCAAGTTCCTCAAGAATTAGTCCGAGAGATTGGTGTAGCATTTGAGAAAATTTTGGAAGAG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv12s0028g01120.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACCGTACTAGTGGCGACNACTCTGTGCTGTATGACCATGATTTAGAAAG CTATGCCCTCTTTGATATGGATGGGAATCAAEST: gi|46917783|gb|CN547112.1|CN547112
genomic: TACCGTACTAGTGGCGACAACTCTGTGCTGTATGACCATGATTTAGAAAGgtaaacacat ... tcttatgcagCTATGCCCTCTTTGATATGGATGGGAATCAA
EST: TACCGTACTAGTGGCGACAACTCTGTGCTGTATGACCATGATTTAGAAAG CTATGCCCTCTTTGATATGGATGGGAATCAAGTTCCTCAAGAATTAGTCCGEST: gi|110698188|gb|EE075460.1|EE075460
genomic: TACCGTACTAGTGGCGACAACTCTGTGCTGTATGACCATGATTTAGAAAGgtaaacacat ... tcttatgcagCTATGCCCTCTTTGATATGGATGGGAATCAAGTTCCTCAAGAATTAGTCCG
EST: TACCGTACTAGTGGCGACAACTCTGTGCTGTATGACCATGATTTAGAAAG CTATGCCCTCTTTGATATGGATGGGAATCAAGTTCCTCAAGAATTAGTCCGEST: gi|30303658|gb|CB980452.1|CB980452
genomic: TACCGTACTAGTGGCGACAACTCTGTGCTGTATGACCATGATTTAGAAAGgtaaacacat ... tcttatgcagCTATGCCCTCTTTGATATGGATGGGAATCAAGTTCCTCAAGAATTAGTCCG
EST: TACCGTACTAGTGGCGACAACTCTGTGCTGTATGACCATGATTTAGAAAG CTATGCCCTCTTTGATATGGATGGG
genomic: TACCGTACTAGTGGCGACAACTCTGTGCTGTATGACCATGATTTAGAAAGgtaaacacat ... tcttatgcagCTATGCCCTCTTTGATATGGATGGG
tttgttatcatactccatattattggttttaggtgattattattgtcttatgcagCTATGCCCTCTTTGATATGGATGGGAATCAAGTTCCTCAAGAATTAGTCCGAGAGATTGGTGTAGCATTTGAGAAAATTTTGGAAGAG
ttgtctt CT-rich tract
attattattgtcttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attgtagcatttccaatgcaaaaaattatctcaaagaaaccttcttttgttatcatactccatattattggttttaggtgattattattgtcttatgcagCTATGCCCTCTTTGATATGGATGGGAATCAAGTTCCTCAAGAATTAGTCCGAGAGATTGGTGTAGCATTTGAGAAAATTTTGGAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- tgtagca
- - - - - - ccaatgc
- - - - - - - - - -aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actccat