Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagatgaagggctttgattcttgacctagactgatttttttgtagatagttcagtttctgttagcaaaatcactttggcattagtgatttagcattttaacaaatgtgtagtgattcttgacgagattatggagcttaggtttatgcattctgtttgtgttctagCTTTCTTGATGTGAAGGAAGGCCGCTACAACCCAAAAATGTCACCTGTTATACCAAAGGCCAAATGGCGAAAAGGATCCCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0116g00980.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110393038|gb|EC957857.1|EC957857
EST:     AGCTACATATACAACTATATGATGGCTTCTCCAAGGAGTTACGTCGACAG                         CTTTCTTGATGTGAAGGAAGGCCGCTACAACCCAAAAATGTCACCTGTTAT
genomic: AGCTACATATACAACTATATGATGGCTTCTCCAAGGAGTTACGTCGACAGgtagatgaag ... tgtgttctagCTTTCTTGATGTGAAGGAAGGCCGCTACAACCCAAAAATGTCACCTGTTAT
EST: gi|110400177|gb|EC966725.1|EC966725
EST:     AGCTACATATACAACTATATGATGGCTTCTCCAAGGAGTTACGTCGACAG                         CTTTCTTGATGTGAAGGAAGGCCGCTACAACCCAAAAATGTCACCTGTTAT
genomic: AGCTACATATACAACTATATGATGGCTTCTCCAAGGAGTTACGTCGACAGgtagatgaag ... tgtgttctagCTTTCTTGATGTGAAGGAAGGCCGCTACAACCCAAAAATGTCACCTGTTAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgattcttgacgagattatggagcttaggtttatgcattctgtttgtgttctagCTTTCTTGATGTGAAGGAAGGCCGCTACAACCCAAAAATGTCACCTGTTATACCAAAGGCCAAATGGCGAAAAGGATCCCAG
     tcttgac  putative branch site (score: 3)
                                      ttctgttt  putative PPT
             agattat  TA-rich tract