Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcaagcatgcatgcatgcttggttgctgcccttatctttgagctatttcccttttgtgatttaacttaatcggctcaactaatcatttgtgtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGCGGGATTGAATATTGCATCATTGATGATAAATGGTGTTGGCACATCTCAA

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0071g01040.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110408198|gb|EC973824.1|EC973824
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|110384025|gb|EC948438.1|EC948438
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|33408217|gb|CF213844.1|CF213844
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|352795434|gb|FQ476549.1|FQ476549
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|110688876|gb|EE067932.1|EE067932
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|110426189|gb|EC992587.1|EC992587
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|30296227|gb|CB973021.1|CB973021
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCCCCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|33408305|gb|CF213932.1|CF213932
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|110407013|gb|EC972604.1|EC972604
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|351049428|gb|FQ450029.1|FQ450029
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCAATTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|110412486|gb|EC978236.1|EC978236
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|294964123|gb|GW837926.1|GW837926
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCGCCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|30296163|gb|CB972957.1|CB972957
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATCTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|30296421|gb|CB973215.1|CB973215
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|26258793|gb|CA809856.1|CA809856
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|26264415|gb|CA815478.1|CA815478
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTAT--GAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
EST: gi|77585520|gb|DV221849.1|DV221849
EST:     CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAG                         AATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC
genomic: CTGGATGTTACACCCTTGCTGTTTCAGAGGCACTTCCAGAGGACTTGCAGgtttgcatgt ... gtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttcccttttgtgatttaacttaatcggctcaactaatcatttgtgtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGCGGGATTGAATATTGCATCATTGATGATAAATGGTGTTGGCACATCTCAA
                               aactaat  putative branch site (score: 2)
           tgatttaacttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcaagcatgcatgcatgcttggttgctgcccttatctttgagctatttcccttttgtgatttaacttaatcggctcaactaatcatttgtgtgactgcagAATTTATGCGAAGAGGAGCGCGTGCAATATGTGCCACCAAAACGCTAATGCGGGATTGAATATTGCATCATTGATGATAAATGGTGTTGGCACATCTCAA

tcaagca
- - gcatgca
- - - - - - - -tgcttgg
- - - - - - - - - - - - gctgccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctcaac