Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tctgtagaaagccaatattgtttcttctatatatgatgatgatgacttgtagcccttattgattttgggaatgacatgcggcttgtggttttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCATGCTCTAGGCCATGTGACTAGCAATGTCTCCTTTGCAGCAGTTGCCGTCT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0003g00300.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv10s0003g00300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA07G32190.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-------tctgtagaaagccaatattgtttcttctatatatgatgatgatgacttgtagcccttattgattttgggaatgacatgcggcttgtggttttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCATGCTCTAGGCCATGTGACTAGCAATGTCTCCTTTGCAGCAGTTGCCGTCT
         || | || ||  |||     | |   |    |  |    || | |||||     || || |||||    || |||  ||    ||| |||   |||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| || || ||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |
tatttgaattgaaaaatgcagataaaaaatttctcacgattactatatataaattgtaata--tactg-ttttgtatgtggcatatgg----tggatttttctgtagCCTATAGACTCCAACCTACTGAAGTTGCTCATTCCAGTGGCTGTGTGTCATGCATTAGGCCATGTGACCAGCAATGTCTCATTTGCTGCAGTTGCTGTTT

upper sequence: Vv10s0003g00300.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GLYMA13G24360.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
tctgtagaaagccaatattgtttcttctatatatgatgatgatgact-tgtagcccttattgattttgggaatgacatgcggcttgtggttttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCATGCTCTAGGCCATGTGACTAGCAATGTCTCCTTTGCAGCAGTTGCCGTCT
||| |   ||   || | |||   |   | || |  |    || ||| | ||    |  |    |   |   ||  ||| ||| | |||||     |||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| || || ||||| || |||||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |
tctatttgaattaaaaaatgtagataaaaaatttc-tctcaattactatatataaatagtaatatactgatttgtaatgtggcatatggttggttctgtagCCTATAGACTCCAACCTACTGAAGTTGCTCATTCCGGTGGCTGTGTGCCATGCATTAGGCCACGTGACCAGCAATGTCTCATTTGCTGCAGTTGCTGTTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349828818|gb|FQ419151.1|FQ419151
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|26265652|gb|CA816715.1|CA816715
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGC-CATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351053044|gb|FQ456651.1|FQ456651
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351043311|gb|FQ444032.1|FQ444032
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|110733080|gb|EE108928.1|EE108928
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATTCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351027725|gb|FQ446892.1|FQ446892
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351018705|gb|FQ425607.1|FQ425607
EST:     GGGT--TCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|77579110|gb|DV218383.1|DV218383
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349832754|gb|FQ422278.1|FQ422278
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCCCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351049490|gb|FQ429112.1|FQ429112
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCAGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCCTCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351026096|gb|FQ428108.1|FQ428108
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351021768|gb|FQ437153.1|FQ437153
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351035554|gb|FQ463399.1|FQ463399
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351019225|gb|FQ429385.1|FQ429385
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349828905|gb|FQ419238.1|FQ419238
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349813100|gb|FQ411340.1|FQ411340
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351019584|gb|FQ439401.1|FQ439401
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349829290|gb|FQ419822.1|FQ419822
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351040323|gb|FQ434455.1|FQ434455
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|110697980|gb|EE075470.1|EE075470
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATTCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351057025|gb|FQ448542.1|FQ448542
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|352795621|gb|FQ480209.1|FQ480209
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351019213|gb|FQ429373.1|FQ429373
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAACTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349828351|gb|FQ416304.1|FQ416304
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351015283|gb|FQ445567.1|FQ445567
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCGTCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|110710526|gb|EE086947.1|EE086947
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351033235|gb|FQ462007.1|FQ462007
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|30252871|gb|CB970422.1|CB970422
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351022754|gb|FQ428663.1|FQ428663
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351040446|gb|FQ434579.1|FQ434579
EST:     GAGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCCGCCTTCCCA-GCAAGCT                         CCTATAGACTCGAACCTCC
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCC
EST: gi|351053172|gb|FQ455629.1|FQ455629
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|161711389|gb|FC060401.1|FC060401
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349819996|gb|FQ404718.1|FQ404718
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351044270|gb|FQ447624.1|FQ447624
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCCGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCCCCTGAAACTGCTCATCCTCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|352768177|gb|FQ467316.1|FQ467316
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351015899|gb|FQ431854.1|FQ431854
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351053057|gb|FQ456664.1|FQ456664
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|29786100|gb|CB343576.2|CB343576
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351048322|gb|FQ449414.1|FQ449414
EST:     GGGTGGTCTGCTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349824063|gb|FQ417450.1|FQ417450
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349828478|gb|FQ417220.1|FQ417220
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351032134|gb|FQ460391.1|FQ460391
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349830347|gb|FQ420607.1|FQ420607
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|352789998|gb|FQ479608.1|FQ479608
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351028469|gb|FQ444750.1|FQ444750
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|349829388|gb|FQ419920.1|FQ419920
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351038519|gb|FQ464385.1|FQ464385
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAGGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|34542626|gb|CF510858.1|CF510858
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|352794370|gb|FQ481601.1|FQ481601
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|33401641|gb|CF207268.1|CF207268
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGCGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCACATTCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|352777333|gb|FQ473967.1|FQ473967
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351013197|gb|FQ424902.1|FQ424902
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGATGCTGTATGCCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
EST: gi|351049192|gb|FQ449914.1|FQ449914
EST:     GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCT                         CCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT
genomic: GGGTGGTCTACTGTTTGGTGAGCTGGGGCGTCGGCCTTCCCAAGCGAGCTgtaagtccac ... ttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgtagcccttattgattttgggaatgacatgcggcttgtggttttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCATGCTCTAGGCCATGTGACTAGCAATGTCTCCTTTGCAGCAGTTGCCGTCT
           tattgat  putative branch site (score: 3)
                                           ttttccttgt  putative PPT
          ttattgatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tctgtagaaagccaatattgtttcttctatatatgatgatgatgacttgtagcccttattgattttgggaatgacatgcggcttgtggttttccttgtagCCTATAGACTCAAACCTCCTGAAACTGCTCATCCCCGTTGCTGTATGTCATGCTCTAGGCCATGTGACTAGCAATGTCTCCTTTGCAGCAGTTGCCGTCT

- - - - aagccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgacttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgcgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgtggt