Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agggtgaccaatttgtaggtcaagttcagttcccagagttccaagttttactttagatttggtggtaaaaagtttctaattgtcaagttatcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAGTCATCAGGTATACCAGATCCAGTACCATTACCATCTCTGGGTGCTAAGT

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g08480.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71870487|gb|DT019542.1|DT019542
EST:     GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: gi|351053731|gb|FQ441497.1|FQ441497
EST:     GCA-TGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGC
genomic: -CAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGC
EST: gi|110428451|gb|EC994925.1|EC994925
EST:     GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: gi|351042210|gb|FQ442677.1|FQ442677
EST:     CAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAAGAAAAGACACCTTTTAAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAAGGCT
genomic: CAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGA-Ggtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCT
EST: gi|71888775|gb|DT037830.1|DT037830
EST:     GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: gi|351035096|gb|FQ458453.1|FQ458453
EST:     GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGGTCATGGTGAATTTTGGACAG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: gi|33403875|gb|CF209502.1|CF209502
EST:     GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: gi|110699271|gb|EE076123.1|EE076123
EST:     GCA-TGGGGNTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAA-GACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTG-ACAG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: gi|352789828|gb|FQ478643.1|FQ478643
EST:     GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAAGGCTCGTGG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGG
EST: gi|33403792|gb|CF209419.1|CF209419
EST:     GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
EST: gi|110724513|gb|EE100407.1|EE100407
EST:     GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTANGAAAAGACAC-TTTGAA                         GGATCATTGGCATGCTTAAAGGCTCGTGGGTT
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTT
EST: gi|110429362|gb|EC995853.1|EC995853
EST:     GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAG                         GGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG
genomic: GCAATGGGGTTCATGTTGTTTATGATTCTGTAGGAAAAGACACCTTTGAGgtaatgacca ... tcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttactttagatttggtggtaaaaagtttctaattgtcaagttatcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAGTCATCAGGTATACCAGATCCAGTACCATTACCATCTCTGGGTGCTAAGT
                            ttctaat  putative branch site (score: 2)
                    taaaaagtttctaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agggtgaccaatttgtaggtcaagttcagttcccagagttccaagttttactttagatttggtggtaaaaagtttctaattgtcaagttatcatatccagGGATCATTGGCATGCTTAAGGGCTCGTGGGTTCATGGTGAATTTTGGACAGTCATCAGGTATACCAGATCCAGTACCATTACCATCTCTGGGTGCTAAGT

- - - - - - - - - - - - - -agttccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtaaaaa