Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgttgttaaccatcattgcctacaacatatactgcaagtggaacccactgcatggtccattgagttttaccggtaaataatgttattctttgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCATAGCATTGATGCTGGAGCTCCATTATCTGAGCAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g01710.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110729434|gb|EE105385.1|EE105385
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|110689128|gb|EE065079.1|EE065079
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|71882963|gb|DT032018.1|DT032018
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|110715702|gb|EE094055.1|EE094055
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|30298228|gb|CB975022.1|CB975022
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|110376897|gb|EC941971.1|EC941971
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|110694240|gb|EE071171.1|EE071171
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|32460975|gb|CD802149.1|CD802149
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|77583199|gb|DV220638.1|DV220638
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|110723706|gb|EE101328.1|EE101328
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|71875897|gb|DT024952.1|DT024952
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
EST: gi|71873249|gb|DT022304.1|DT022304
EST:     GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGG                         GATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA
genomic: GAGAACTTGGATCTCATTCTCCTATGCCTTGATGAGATTGTTGATGGAGGgtatgcaata ... tgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cactgcatggtccattgagttttaccggtaaataatgttattctttgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCATAGCATTGATGCTGGAGCTCCATTATCTGAGCAG
                                        ttctttgttt  CT-rich tract
                            taaataatgttattct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgttgttaaccatcattgcctacaacatatactgcaagtggaacccactgcatggtccattgagttttaccggtaaataatgttattctttgtttggcagGATGATCCTTGAAACTGATGCCAGTGTTATTGAGGGAAAAGTAGCAGCTCATAGCATTGATGCTGGAGCTCCATTATCTGAGCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCAG
- - - - accatca
- - - - - - - - -gcctaca
- - - - - - - - - - - - - - -tactgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacccac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catggtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaataat