Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtttaaaactgtttcttgcaattgctactatcgcccagttctgttctagaagtgagaataaagctttatattggattttatttgatttcattttccacatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTAAGGATGGATACATGATATCCTCGGGTCAGCCTGTCAAAGAATACATCG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv09s0002g01460.t01
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtttgtttaaaactgtttcttgcaattgctactatcgcccagttctgttctagaagtgagaataaagctttatattggattttatttgatttcattttccacatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTAAGGATGGATACATGATATCCTCGGGTCAGCCTGTCAAAGAATACATCG
               | || |||||   | |     |    ||| || |          || |   ||| ||| |  |  || ||||| | |  |||      |||  |||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||| | ||||| ||    || || |
-----------gtactctcatgcaaa-acgaaagctgtatggttttgctt--------ggattcctgctctatttatgtattgatttgctgttctttg----gtttacagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG

upper sequence: Vv09s0002g01460.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtttgtttaaaactgtttcttgcaattgctactatcgcccagttctgttctagaagtgagaataaagctttatattggat-tttat-ttgatttcattttccacatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTAAGGATGGATACATGATATCCTCGGGTCAGCCTGTCAAAGAATACATCG
    || | |  |   |||   ||||||  |       ||| | |   | ||  | |     |    | | |||| | || | ||| || ||      ||     ||  ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||   |||||| |
----gtgtgagcccccttcc--caattgtaaa------ccaatgcaaattta--attagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGTCATCCTGTCAACCTATACATTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71858369|gb|DT007424.1|DT007424
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|37189512|gb|CF608861.1|CF608861
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGG
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGG
EST: gi|71859050|gb|DT008105.1|DT008105
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110362184|gb|EC925700.1|EC925700
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|77587480|gb|DV222899.1|DV222899
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110687019|gb|EE064061.1|EE064061
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110703210|gb|EE079857.1|EE079857
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|30126762|gb|CB912101.1|CB912101
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110361538|gb|EC925020.1|EC925020
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|161721504|gb|FC070070.1|FC070070
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110689519|gb|EE065813.1|EE065813
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|161713092|gb|FC064279.1|FC064279
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110367587|gb|EC931527.1|EC931527
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|71872575|gb|DT021630.1|DT021630
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|71858634|gb|DT007689.1|DT007689
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|33406072|gb|CF211699.1|CF211699
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110372712|gb|EC936899.1|EC936899
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110419119|gb|EC985321.1|EC985321
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|71872925|gb|DT021980.1|DT021980
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|71861764|gb|DT010819.1|DT010819
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|87585450|gb|DY474163.1|DY474163
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|71864864|gb|DT013919.1|DT013919
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|352794640|gb|FQ475138.1|FQ475138
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|71869646|gb|DT018701.1|DT018701
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|77582925|gb|DV220460.1|DV220460
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110362746|gb|EC926298.1|EC926298
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110389189|gb|EC954008.1|EC954008
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110692357|gb|EE071507.1|EE071507
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|34548015|gb|CF516247.1|CF516247
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|37189418|gb|CF608767.1|CF608767
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGG
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGG
EST: gi|71858363|gb|DT007418.1|DT007418
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAG
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAG
EST: gi|71855375|gb|DT004430.1|DT004430
EST:     GCTATGGTGCCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATC
EST: gi|110365307|gb|EC928089.1|EC928089
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|294966521|gb|GW837656.1|GW837656
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCTCAGCGCGCTAAATCAATGAAGTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGC-TCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTT
EST: gi|110698923|gb|EE076973.1|EE076973
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|161715927|gb|FC065510.1|FC065510
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110405776|gb|EC971326.1|EC971326
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|161713167|gb|FC064317.1|FC064317
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCATGGCCCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTC
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
EST: gi|110687222|gb|EE064445.1|EE064445
EST:     GCTATGGTGTCTTGAGATTCGTGATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAG                         GTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT
genomic: GCTATGGTGTCTTGAGATTTGTAATGGAGAGTGGAGCAAAGGGATGTGAGgtttgtttaa ... acatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgagaataaagctttatattggattttatttgatttcattttccacatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTAAGGATGGATACATGATATCCTCGGGTCAGCCTGTCAAAGAATACATCG
                            atttgat  putative branch site (score: 5)
                                       ttttccac  putative PPT
             tttatattggatttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtttaaaactgtttcttgcaattgctactatcgcccagttctgttctagaagtgagaataaagctttatattggattttatttgatttcattttccacatttgtagGTGATTGTCAGTGGCAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAATCAATGAAGTTTAAGGATGGATACATGATATCCTCGGGTCAGCCTGTCAAAGAATACATCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA