1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ttgtgatggttgccaacttgtgtttttcctgcaaagctgtggttccatcaatgcaattatctagactgtgaattaaaaaaattgtttggttctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAGCCCCTCACAAGTTTAGGTCTGCTGTGGAAGCTGTCAAGAAACTGAGGG
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0056g00200.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|110732942|gb|EE108671.1|EE108671
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: GATTGCATCTGGGTGGAAGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAATTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCCAGTTCTTGGTGAAEST: gi|110720573|gb|EE096613.1|EE096613
genomic: GATTGCATCTGG-TGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|110719729|gb|EE095112.1|EE095112
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: GGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|71855950|gb|DT005005.1|DT005005
genomic: GGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATTCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|37183639|gb|CF602993.1|CF602993
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|29785096|gb|CB341824.2|CB341824
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|110720962|gb|EE097416.1|EE097416
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: AGATTGCATCTGGTGGAAGTCGTATGTAGGTGACAATGAATCGTTATGAG AA-GAATGGGAAEST: gi|110357218|gb|EC920600.1|EC920600
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAA
EST: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|71881840|gb|DT030895.1|DT030895
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|110718255|gb|EE094880.1|EE094880
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: AAATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGAATGCC-AAGTTCTTGGGGAEST: gi|161711748|gb|FC058304.1|FC058304
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGA-TGCCCAAGTTCTTGGTGA
EST: GGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|33409359|gb|CF214986.1|CF214986
genomic: GGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAEST: gi|110723612|gb|EE101122.1|EE101122
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAA
EST: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAG AATGATTGGGAAAGT-GTAAAACGTGGATGGGGATGCC-AAGTTCTTGGTG
genomic: AGATTGCATCTGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACGATGGATCGTTATGAGgtatgatttt ... tctcttgcagAATGATTGGGAA-GTTGTAAAACGTGGATGGG-ATGCCCAAGTTCTTGGTG
catcaatgcaattatctagactgtgaattaaaaaaattgtttggttctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAGCCCCTCACAAGTTTAGGTCTGCTGTGGAAGCTGTCAAGAAACTGAGGG
ttctcttgc CT-rich tract
tgtgaattaaaaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtgatggttgccaacttgtgtttttcctgcaaagctgtggttccatcaatgcaattatctagactgtgaattaaaaaaattgtttggttctcttgcagAATGATTGGGAAGTTGTAAAACGTGGATGGGATGCCCAAGTTCTTGGTGAAGCCCCTCACAAGTTTAGGTCTGCTGTGGAAGCTGTCAAGAAACTGAGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- gtgatgg
- - - - - -gccaact
- - - - - - - - - - - - - tcctgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgg