1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tcttgatcattttataatttgcattgctaaatcattctttgactgtttacctgatggtattgtatgatatcaatacataaatcttgataatgtgtttcagATTTCCTATGGGCGCTTGACCACAAAACCAAGGAGAAACTGTGAGGTGGACTTGTTCATCATGCAAGCAGATGGGAAGAAAGTAGTGGATCCCTACAAGC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g04890.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGGTCTCCTTTACGACATGATGAGAACTCTAAAGGATTACAATATCAAG ATTTCCTATGGGCGCTTGACCACAAAACCAAGGAGAAACTGTGAGGTGGACEST: gi|110363139|gb|EC926710.1|EC926710
genomic: AAGGTCTCCTTTACGACATGATGAGAACTCTAAAGGATTACAATATCAAGgtacattacg ... tgtgtttcagATTTCCTATGGGCGCTTGACCACAAAACCAAGGAGAAACTGTGAGGTGGAC
EST: AAGGTCTCCTTTACGACATGATGAGAACTCTAAAGGATTACAATATCAAG ATTTCCTATGGGCGCTTGACCACAAAACCAAGGAGAAACTGTGAGGTGGAC
genomic: AAGGTCTCCTTTACGACATGATGAGAACTCTAAAGGATTACAATATCAAGgtacattacg ... tgtgtttcagATTTCCTATGGGCGCTTGACCACAAAACCAAGGAGAAACTGTGAGGTGGAC
tttacctgatggtattgtatgatatcaatacataaatcttgataatgtgtttcagATTTCCTATGGGCGCTTGACCACAAAACCAAGGAGAAACTGTGAGGTGGACTTGTTCATCATGCAAGCAGATGGGAAGAAAGTAGTGGATCCCTACAAGC
tcttgat putative branch site (score: 4)
atatcaatacataaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcttgatcattttataatttgcattgctaaatcattctttgactgtttacctgatggtattgtatgatatcaatacataaatcttgataatgtgtttcagATTTCCTATGGGCGCTTGACCACAAAACCAAGGAGAAACTGTGAGGTGGACTTGTTCATCATGCAAGCAGATGGGAAGAAAGTAGTGGATCCCTACAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - -tgcattg
- - - - - - - - - - - - - - aaatcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acataaa