1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtgattgcaattaaatctatttattaatctaatgaaacaactagagcatattcaatttgtttcagactaatgtagcaaagcctgaacttgatacagAGGGTCCAAAGCCTCAAAGCTCAAATTCAACTGGCGGAATGTTATCTCGTGTTGACAATAGAAAGGCAAGAGAGGGAAGTATCAAGAAAAGGAGAACATC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv08s0007g00930.t01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTTGAAAAGGATTCATTTGGAAAACAAAGTTTGTTACAGACTGAACAAG AGGGTCCAAAGCCTCAAAGCTCAAATTCAACTGGCGGAATGTTATCTCGTGEST: gi|161715939|gb|FC067136.1|FC067136
genomic: CTTTGAAAAGGATTCATTTGGAAAACAAAGTTTGTTACAGACTGAACAAGgtgattgcaa ... cttgatacagAGGGTCCAAAGCCTCAAAGCTCAAATTCAACTGGCGGAATGTTATCTCGTG
EST: CTTTGAAAAGGATTCATTTGGAAAACAAAGTTTGTTACAGACTGAACAAG AGGGTCCAAAGCCTCAAAGCTCAAATTCAACTGGCGGAATGTTATCTCGTGEST: gi|110373916|gb|EC938364.1|EC938364
genomic: CTTTGAAAAGGATTCATTTGGAAAACAAAGTTTGTTACAGACTGAACAAGgtgattgcaa ... cttgatacagAGGGTCCAAAGCCTCAAAGCTCAAATTCAACTGGCGGAATGTTATCTCGTG
EST: CTTTGAAAAGGATTCATTTGGAAAACAAAGTTTGTTACAGACTGAACAAG AGGGTCCAAAGCCTCAAAGCTCAAATTCAACTGGCGGAATGTTATCTCGTG
genomic: CTTTGAAAAGGATTCATTTGGAAAACAAAGTTTGTTACAGACTGAACAAGgtgattgcaa ... cttgatacagAGGGTCCAAAGCCTCAAAGCTCAAATTCAACTGGCGGAATGTTATCTCGTG
tagagcatattcaatttgtttcagactaatgtagcaaagcctgaacttgatacagAGGGTCCAAAGCCTCAAAGCTCAAATTCAACTGGCGGAATGTTATCTCGTGTTGACAATAGAAAGGCAAGAGAGGGAAGTATCAAGAAAAGGAGAACATC
atattcaatttgttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgattgcaattaaatctatttattaatctaatgaaacaactagagcatattcaatttgtttcagactaatgtagcaaagcctgaacttgatacagAGGGTCCAAAGCCTCAAAGCTCAAATTCAACTGGCGGAATGTTATCTCGTGTTGACAATAGAAAGGCAAGAGAGGGAAGTATCAAGAAAAGGAGAACATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA